Quỹ Khuyến học đã gởi báo cáo đến các cơ quan chức năng của Bộ, ban ngành liên quan. Ngay khi nhận được thông vin về việc liên quan đến vệ sinh an toàn thực phẩm sau khi uống sữa, Sở Y tế đã trực tiếp kiểm tra và chỉ đạo các đơn vị chuyên môn thực hiện điều tra, xử lý vụ việc theo quy định, chỉ đạo Chi cục Vệ sinh an toàn thực thẩm lấy mẫu thực phẩm nghi là nguyên nhân gây ra sự cố an toàn thực phẩm gửi Viện Kiểm nghiệm An toàn vệ sinh thực phẩm Quốc gia để kiểm nghiệm theo quy định.
Căn cứ công văn số 81/BC-ATTP, ngày 26/3, Sở Y tế tỉnh Thái Nguyên đã kết luận: Sản phẩm sữa được phát trong hôm đó đều đạt tiêu chuẩn theo công bố phù hợp quy định an toàn thực phẩm, không phát hiện các chỉ tiêu vi sinh vật, kim loại nặng và độc tố vi nấm. Hiện tượng đối với các học sinh sau khi uống sữa liên quan đến vấn đề không dung nạp sữa xảy ra ở một số trường hợp dẫn đến kích thích dạ dày – ruột, không phải là ngộ độc thực phẩm.
Bên cạnh đó, Quỹ Khuyến học cũng đã tiến hành các biện pháp xử lý như: cử đại diện phối hợp với nhà trường và phụ huynh hỗ trợ y tế cho các em; hợp tác toàn diện với các cơ quan chức năng để tìm hiểu nguyên nhân; tạm dừng ngay việc triển khai chương trình cấp phát sữa miễn phí trên địa bàn Thái Nguyên và các địa phương khác để chờ kết luận của cơ quan chức năng; tiến hành rà soát kiểm tra toàn diện các quy trình truy xuất nguồn gốc sản phẩm, hoạt động sản xuất, vận chuyển và bảo quản lô sữa có liên quan.