Trong 5 năm qua, các thử nghiệm của phiên bản STOVL (cất cánh và hạ cánh thẳng đứng) hay phiên bản "B" của máy bay chiến đấu F-35 mới cho thấy động cơ F135 của nó là chiếc động cơ mạnh mẽ nhất từng được sử dụng trong máy bay chiến đấu, tạo ra lượng nhiệt nóng tới mức có thể phá hủy cả sàn tàu. Hiệu ứng nhiệt của động cơ F-35B được giảm bằng cách điều chỉnh khí thải của F135 (làm phân tán trên một diện tích lớn hơn). Tuy nhiên, điều này không loại bỏ được các vấn đề khác liên quan đến nhiệt.
Các thành phần dưới sàn tàu yêu cầu bảo vệ tốt hơn ở mức nhiệt cao. Trên các tàu sân bay trực thăng nhỏ hơn (như lớp Wasp), người ta phát hiện ra rằng nhiều hệ thống gần sàn đáp có thể bị hư hỏng do F-35B hạ cánh và cất cánh quá gần với các loại vũ khí, ăng-ten, cửa thoát nhiên liệu, ống dẫn nhiên liệu, thuyền cứu sinh, lan can, lưới bảo vệ, một số thiết bị điện và hầu hết các thiết bị khác. Các thiết bị này được đảm bảo an toàn đối với máy bay AV-8B Harrier STOVL cũ. Bởi vậy, số thiết bị này sẽ phải được thay thế hoặc phải được bảo vệ tốt hơn.
Vấn đề cơ bản là kích thước của F-35B lớn hơn và sinh ra lượng khí nóng động cơ nhiều hơn so với máy bay AV-8B tham gia phục vụ từ những năm 1969. Đây là phiên bản đầu tiên được sử dụng chủ yếu bởi Hải quân Hoàng gia Anh và Thủy quân lục chiến Mỹ. Đó là chiếc máy bay 11 tấn mang theo khoảng 2 tấn vũ khí.
Trong những năm 1980, một phiên bản lớn hơn của AV-8B với khối lượng 14 tấn đã được phát triển, có thể mang tới 3 tấn vũ khí. Tuy rằng, phiên bản này có sinh ra nhiều nhiệt lượng hơn, nhưng chưa đủ để gây ra vấn đề lớn. Chiếc F-35B thay thế AV-8B sẽ là một máy bay 27 tấn có thể mang tới 6 tấn vũ khí và có khả năng tàng hình. Trong chế độ cất cánh thẳng đứng F-35B sẽ mang gấp 2 lần số vũ khí và hoạt động trên quãng đường gấp đôi so với Harrier (khoảng 800 km).
Trên đất liền, F-35B cũng gặp vấn đề đối với sàn thép đục lỗ (PSP) được sử dụng khi xây dựng nhanh sân bay. PSP là các tấm kim loại đục lỗ được sử dụng để nhanh chóng tạo ra đường băng trong mọi thời tiết, có thể đáp ứng cho máy bay chiến đấu và máy bay trực thăng.
Lớp lót đường băng dã chiến đầu tiên trong Chiến tranh Thế giới thứ II được làm bằng thép hợp kim chống gỉ. Các tấm thép có lỗ hổng để thoát nước và các khớp nối để có thể dễ dàng liên kết với nhau. Trong vòng chưa đầy 2 ngày, các kỹ sư có thể xây dựng một đường băng dài hơn một cây số (vào khoảng 1,3 km) có thể đáp ứng cho các máy bay lên đến 28 tấn. Điều này có nghĩa máy bay ném bom 4 động cơ như chiếc B-17 và B-24 hay B-29 khi không mang vũ khí có thể hạ cánh trên đường băng này.
Hiện nay, PSP được cấu tạo dưới dạng các tấm kim loại có chiều dài 3 mét, rộng 38cm và nặng 20 kg mỗi tấm. PSP có thể đảm bảo cho các máy bay tải nặng nhưng không đáp ứng được với các máy bay ném bom hạng nặng như B-1/2/52. PSP gần đây đã gặp vấn đề với nhiệt lượng từ động cơ F-135 của F-35B. Việc điều chỉnh về khí thải của F135 cũng giúp bảo vệ PSP khỏi các hư hại nghiêm trọng này.
