Điều này dấy lên câu hỏi hiển nhiên: Tại sao một quốc gia kịch liệt phản đối vũ khí hạt nhân lại sở hữu lượng plutoni có thể dùng sản xuất vũ khí nhiều hơn hầu hết các nước có các kho vũ khí hạt nhân?
Một số người cho rằng đây là kết cục không lường trước của những sự kiện không mong đợi, ví dụ như vụ hỏng lò phản ứng tái sinh thí nghiệm Monju của Nhật Bản, hay thảm họa Fukushima, đã buộc Nhật Bản phải đóng các nhà máy điện hạt nhân truyền thống.
Về nhận định này, Kyodo News dẫn lời một cựu quan chức chính phủ Mỹ cho rằng "việc Nhật Bản tích lũy số lượng lớn plutoni không được Quốc hội hay bất cứ cơ quan chính phủ Mỹ nào lường trước" khi Washington vào năm 1988 đã cho phép Nhật Bản trong 30 năm được phép phân tách plutoni từ những nguyên liệu đã qua sử dụng được Mỹ cung cấp, hoặc đã được bức xạ trong những lò phản ứng sử dụng công nghệ Mỹ.
Tuy nhiên, giả thuyết trên là không đúng. Việc Nhật Bản thừa thãi plutoni cấp độ vũ khí đã được dự đoán từ 3 thập niên trước.
Trong bản đệ trình lên Quốc hội Mỹ vào tháng 3/1988, tiến sỹ Milton Hoenig thuộc Viện Kiểm soát Hạt nhân đã trình bày về việc kế hoạch phân tách plutoni từ nhiên liệu đã qua sử dụng được đẩy mạnh hơn nhiều so với kế hoạch tái chế plutoni từ nhiên liệu mới. Kết quả không tránh được sẽ là Nhật Bản sở hữu số lượng khổng lổ plutoni đã phân tách.
Do các sự kiện hỏng lò phản ứng tái sinh hay hạn chế các lò phản ứng truyền thống sau thảm họa Fukushima, hầu hết số plutoni của Nhật Bản sẽ không bao giờ trở thành nhiên liệu và cần được tiêu hủy như rác thải.
Chính phủ Mỹ gần đây đã ra quyết định tương tự, từ bỏ các kế hoạch dùng plutoni tái tạo từ vũ khí làm nhiên liệu, thay vào đó là chôn số plutoni này.
Hợp tác Mỹ-Nhật để loại bỏ plutoni thừa theo một cách an toàn, an ninh và tiết kiệm có thể giúp khắc phục những quyết định song phương sai lầm từ 30 năm trước.