Liên quan đến các công văn của Hai hiệp hội (Hiệp hội Vận tải Hà Nội và Hiệp hội Vận tải ô tô Việt Nam) cho rằng, ông Phó chánh thanh tra Bộ Giao thông Vận tải Thạch Như Sỹ có thái độ công vụ không đúng mức; phát ngôn không đúng thẩm quyền gây thiệt hại kinh tế doanh nghiệp và đề nghị xem xét xử lý kỷ luật, sáng 12/ 10, Bộ GTVT đã có ý kiến về vấn đề này.
Cụ thể, Chánh Thanh tra Bộ GTVT Lê Thanh Hà đã ký văn bản trả lời đối với công tác thanh tra đột xuất bến xe khách Cần Thơ như sau: “Ngày 25/9/2014, đoàn công tác của Bộ GTVT đã báo cáo lãnh đạo Bộ GTVT về kết quả rà soát, đánh giá, qua đó làm rõ một số sai sót về chuyên môn trong công tác thanh tra liên quan đến hoạt động của Bến xe khách TP. Cần Thơ do ông Thạch Như Sỹ làm Trưởng đoàn.
Trên cơ sở đó, ngày 10/10, Bộ GTVT đã có thông báo về kết quả giải quyết các nội dung liên quan đến kiến nghị về hoạt động của Bến xe khách TP. Cần Thơ.
Theo đó, Bộ GTVT đã sửa đổi, bổ sung một số nội dung Kết luận thanh tra trước đó và giao Chánh Thanh tra Bộ chủ trì phối hợp với các đơn vị liên quan tổ chức kiểm điểm công tác thanh tra đối với hoạt động của Bến xe khách TP. Cần Thơ, xử lý hoặc trình cấp có thẩm quyền xử lý đối với tổ chức, cá nhân vi phạm theo quy định, công khai kết quả xử lý”.
Cũng trong văn bản này, về việc kiểm tra đột xuất Công ty TNHH Thành Bưởi và chi nhánh của Công ty này ở Lâm Đồng, Thanh tra Bộ GTVT cho hay: “ Các đơn vị được kiểm tra đã cơ bản khắc phục các tồn tại trong hoạt động kinh doanh vận tải. Việc sử dụng xe hợp đồng để vận chuyển khách thường xuyên của Thành Bưởi tuy không trái quy định hiện hành nhưng sẽ dẫn tới sự cạnh tranh không bình đẳng với loại hình xe chạy tuyến cố định trên cùng tuyến đường (do xe Hợp đồng không vào bến xe và có thể đón, trả khách ở nhiều vị trí).
Về quá trình triển khai công tác kiểm tra tình hình khắc phục các tồn tại trong việc chấp hành các quy định về kinh doanh, điều kiện kinh doanh về vận tải bằng xe ôtô theo tuyến cố định tại TP. Hồ Chí Minh, tỉnh Lâm Đồng; việc chấp hành các quy định về kinh doanh, điều kiện kinh doanh vận tải bằng ô tô của Công ty Thành Bưởi và chi nhánh của Công ty này ở Lâm Đồng, đoàn kiểm tra của Bộ GTVT đã thực hiện đúng theo thẩm quyền và các quy định của Pháp luật”.
Theo ông Bùi Danh Liên, Chủ tịch Hiệp hội Vận tải Hà Nội, ngày 8/10, đơn vị này có văn bản gửi lên Bộ GTVT đề nghị xử lý kỷ luật đối với ông Thạch Như Sỹ để làm gương cho hệ thống Thanh tra GTVT cả nước. Lý do ông Sỹ bị đề nghị kỷ luật là do tham mưu kết luận thanh tra không đúng pháp luật, thái độ công vụ không đúng mức, phát ngôn không đúng thẩm quyền với báo chí.
Trước đó, ông Nguyễn Văn Thanh, Chủ tịch Hiệp hội ô tô Việt Nam cũng đã 2 lần gửi văn bản lên Bộ GTVT đề nghị kiểm điểm trách nhiệm và có hình thức xử lý kỷ luật ông Sỹ. Lý do đưa ra cũng là do ông Sỹ tham mưu kết luận thanh tra không đúng pháp luật, thái độ công vụ không đúng mức, phát ngôn không đúng thẩm quyền với báo chí… gây thiệt hại kinh tế doanh nghiệp.
tháng 7/2014, Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải Đinh La Thăng đã chỉ đạo lực lượng Thanh tra Bộ thanh tra đột xuất Công ty cổ phần bến xe tàu phà Cần Thơ. Đoàn thanh tra do ông Thạch Như Sỹ, Phó Chánh Thanh tra Bộ Giao thông Vận tải làm trưởng đoàn. Ông Sỹ có kết luận gửi Bộ GTVT chỉ ra rằng, đơn vị này có nhiều vi phạm như: không đảm bảo các tiêu chí để công bố bến xe loại 1; thu giá dịch vụ xe vào không đúng quy định. Tuy nhiên, doanh nghiệp và Hiệp hội vận tải ôtô Việt Nam cho rằng, kết luận của đoàn thanh tra không chính xác, làm ảnh hưởng đến uy tín cũng như gây tổn thất cho doanh nghiệp.
Ông Liên cũng thông tin thêm, qua phản ánh của hội viên, ông Sỹ đi làm việc trái quy định của Luật Thanh tra như sau: Khi giải thích lập luận, thiếu những kiến thức cơ bản về Luật dân sự, Luật GTVT…Thiếu tôn trọng lãnh đạo các doanh nghiệp, thường xuyên dọa rút giấy phép, xử phạt. Chặn họng phát biểu của đại diện cơ sở ... Ông Sỹ nhiều năm làm Chánh Thanh tra GTVT Hà Nội khi ra đi đã để lại cho Hà Nội một gánh nặng về: xe dù, bến cóc, xe buýt nhái, taxi dù, bến bãi trá hình ...