Năm 1879, Chiến tranh Thái Bình Dương (Guerra del Pacífico) nổ ra giữa Chile và liên minh Bolivia - Peru với nguyên nhân xuất phát từ tranh chấp lãnh thổ. Tuy nhiên, sau khi liên minh Bolivia và Peru thất bại, Bolivia mất đi đường bờ biển của mình.
Vào tháng 1/1963, Bộ Quốc phòng Bolivia ra quyết định thành lập Lực lượng Đường sông và Hồ (Fuerza Fluvial y Lacustre), trong biên chế của lực lượng này có 4 thuyền do Mỹ cung cấp và có quân số khoảng 1.800 người được tuyển từ trong lực lượng Quân đội Bolivia.
Quân nhân Hải quân Bolivia trong lễ duyệt binh. (Ảnh: WM)
Sau đó vào tháng 1/1966, lực lượng này được đổi tên thành Lực lượng Đường thủy Bolivia (Fuerza Naval Boliviana), tuy nhiên lực lượng này thường được gọi là Hải quân Bolivia (Armada Boliviana).
Bolivia có hệ thống sông ngoài dày đặc và lực lượng này làm nhiệm vụ tuần tra chống các hoạt động buôn lậu và vận chuyển ma túy.
Cho đến nay, Bolivia không thừa nhận việc mất vùng lãnh thổ với bờ biển vào tay Chile sau Chiến tranh Thái Bình Dương. Lực lượng Hải quân Bolivia được duy trì với ý nghĩa tượng trưng cho hy vọng giành lại vùng lãnh thổ với đường bờ biển của nước này.
Hải quân Bolivia cũng tham gia vào các ngày lễ lớn của đất nước, đặc biệt Ngày của Biển cả (Día Del Mar).