Trước đây, chương trình này được thiết kế nhằm chống lại các cuộc tấn công hạt nhân của Liên Xô. Tuy nhiên hiện nay, mục tiêu của các hệ thống đánh chặn tên lửa đã chuyển hướng sang hai đối tượng là Bắc Triều Tiên và Iran nhưng nhiều chuyên gia vẫn nghi ngờ về khả năng vận hành của hệ thống này.
Vào thập niên 1980, dự án "Star Wars" của Reagan đã gây ra những tranh cãi gay gắt, nhưng hiện nay, chương trình phòng thủ tên lửa đã trở thành một chiến lược “bất di bất dịch” đối với Washington. Tuy nhiên, dự án này đến nay vẫn gặp khó khăn về vấn đề kỹ thuật, cụ thể là khả năng sử dụng một tên lửa để đánh chặn một tên lửa đạn đạo đang bay ngoài bầu khí quyển.
Lựa chọn tốt nhất hiện nay là các tổ hợp tên lửa đánh chặn SM-3 (Standard Missile 3) biên chế trên 26 tàu hải quân và các hầm phóng tên lửa ở Alaska và California, được các ra-đa tiên tiến hỗ trợ, có nhiệm vụ tiêu diệt các tên lửa tầm xa, bao gồm cả tên lửa đạn đạo liên lục địa, dù những tên lửa này bay ngoài không gian.
Trung tướng Richard Formica, người đứng đầu Bộ tư lệnh Phòng thủ Không gian và Tên lửa của Bộ Quốc phòng Mỹ cho biết, quân đội nước này tin rằng các hệ thống phòng thủ tên lửa đạn đạo có đủ khả năng bảo vệ nước Mỹ chống lại các cuộc tấn công từ cả Bắc Triều Tiên và Iran vào thời điểm hiện tại cũng như trong tương lai gần.
Cơ quan Phòng thủ tên lửa Mỹ cho biết, các tổ hợp tên lửa đánh chặn SM-3 (cũng được sử dụng cho lá chắn tên lửa của NATO) đã thành công trong 25 trên tổng số 30 lần phóng thử nghiệm, mặc dù tên lửa đánh chặn của các căn cứ trên mặt đất đã thất bại trong hai lần phóng thử gần nhất.
Hiện nay, cả Bình Nhưỡng và Tehran đều chưa thể phát triển một loại tên lửa đạn đạo liên lục địa đủ khả năng phóng đến lãnh thổ Mỹ. Do đó, một số nhà khoa học cho rằng mục đích của dự án phòng thủ tên lửa này là rất viển vông.
Trong một báo cáo công bố năm 2010, Giáo sư George Lewis tại Đại học Cornell và Giáo sư Theodore Postol tại Viện Công nghệ Massachusetts (Mỹ) cho rằng, mặc dù nhiều tỷ USD đã được đổ vào dự án này nhưng chưa hề có dấu hiệu nào cho thấy vấn đề đánh chặn tên lửa đạn đạo bay ngoài bầu khí quyển đã được giải quyết. Theo đó, các lần phóng thử của Lầu Năm Góc chỉ cho thấy "khả năng có thể thành công" bởi quỹ đạo, thời gian phóng và chủng loại tên lửa đã được biết trước. Bên cạnh đó, các thử nghiệm trên được cho là đã bị dàn xếp để che dấu các thiếu sót cơ bản.
Các báo cáo thử nghiệm của Lầu Năm Góc những năm gần đây đã thừa nhận, cho đến nay, các lá chắn tên lửa mặt đất vẫn tỏ ra hạn chế trong việc chống lại các mối đe dọa đơn giản, do chưa phát triển được công nghệ, mặc dù chi phí cho mỗi lá chắn như vậy lên đến 70 triệu USD.
Trước việc Mỹ thúc giục chế tạo một phiên bản mới của SM-3 với giá 20 triệu USD/ống phóng, Văn phòng Giải trình Chính phủ (cơ quan điều tra của Quốc hội) đã lên tiếng lo ngại về tình trạng chậm trễ và quả “chưa thấy đâu” của dự án.
Những người hoài nghi đối với dự án thì cho rằng, đối phương có thể chia cắt cả hệ thống bằng cách phóng lên một loạt tên lửa, tấn công ra-đa hoặc đơn giản hơn là sử dụng mồi nhử. Các chuyên gia cho biết, sử dụng những quả bóng bằng nhôm hoặc nhiều chiếc dây nhỏ cũng có thể gây nhầm lẫn cho hệ thống.
Nhà vật lý học Yousaf Butt thuộc Viện Nghiên cứu Quốc tế Monterey cho hay, có thể dễ dàng tạo ra các mồi nhử hạng nhẹ bay cùng với đầu đạn hạt nhân, như các quả bóng chẳng hạn. Sẽ rất khó để phân biệt được đâu là đầu đạn hạt nhân thật.
Ông Yousaf Butt cho biết thêm, nỗ lực bắn hạ một đầu đạn đến từ không gian là một vấn đề rất khó khăn và chưa hình dung được cách giải quyết bởi đó là một vấn đề vật lý chứ không đơn thuần ở khía cạnh kỹ thuật.
Ngay cả những người ủng hộ chương trình này một cách mạnh mẽ, như các sĩ quan hải quân trên các tàu chiến có trang bị tổ hợp chống tên lửa, cũng nói rằng, mồi nhử là một thách thức lớn đối với hệ thống phòng thủ này.
Mặc dù có những dư luận trái chiều cùng với những phàn nàn từ phía Nga rằng hệ thống này đang phá hoại những nỗ lực kiểm soát vũ khí nhưng loại hình vũ khí chống tên lửa này vẫn được bán cho các đồng minh và nhận được sự hưởng ứng rộng rãi trong Quốc hội, nơi mà ngành công nghiệp quốc phòng đã tiến hành vận động hành lang để các dự án tiếp tục được duy trì.
Theo các số liệu chính thức, chương trình này đã tiêu tốn ít nhất 158 tỷ USD kể từ khi được khởi động vào những năm 1980, trong khi các ước tính khác cho rằng con số này còn cao hơn.
Cuộc khủng hoảng ngân sách của Mỹ hầu như không ảnh hưởng gì đến chương trình này. Lầu Năm Góc đã đề nghị đầu tư 9,2 tỷ USD cho hệ thống này trong năm 2014 và tăng lên 45,7 tỷ USD trong vòng 5 năm tới. Ngoải ra, còn có đề nghị đề nghị cấp ngân sách để xây dựng thêm lá chắn tên lửa mới tại vùng duyên hải phía Đông.
