L-39 cất cánh lần đầu ngày 4/11/1968, và được sử dụng như loại máy bay huấn luyện cơ bản tại Liên bang Xô viết, Cộng hòa Czech, và tất cả các nước thuộc Khối hiệp ước Warsaw (ngoại trừ Ba Lan) từ năm 1971 trở về sau.
Máy bay L-39 và trực thăng Mi-8 của trung đoàn 910 phối hợp bay huấn luyện
Aero Vodochody xuất khẩu hơn 2.800 chiếc L-39 tới 30 quốc gia trên thế giới, trong đó có Việt Nam. L-39 được thiết kế cho vai trò huấn luyện sơ cấp - cao cấp cho phi công quân sự.
Tuy nhiên, khi cần, máy bay huấn luyện L-39 có thể làm nhiệm vụ tấn công mặt đất, thậm chí là tác chiến không đối không.
Máy bay L-39 được trang bị 2 động cơ AI-25TL do Ukraine sản xuất, tốc độ bay tối đa đạt 980 km/h, tầm bay với lượng nhiên liệu cực đại là 1.750 km, thời gian hoạt động 3 tiếng 50 phút, trần bay 11.000 m.
Bên cạnh là một máy bay huấn luyện thì L-39 còn có khả năng chiến đấu với trang bị vũ khí lên tới 1.290 kg trên bốn mấu cứng bên ngoài, gồm: tên lửa không đối không (K-13), Súng máy 7,62 mm, bom rơi tự do và bom bầy, rocket, thùng dầu phụ.
Trong lịch sử quân đội Việt Nam đã có 2 vụ tai nạn xảy ra với L-39.
Ngày 29/4/2005, L-39 thuộc E910 của Trường Sĩ quan không quân Việt Nam đang bay trên bầu trời Nha Trang thì đột ngột chết máy. Phi công đã điều khiển máy bay bay ra biển và nhảy dù. Phi công bị thương nhẹ, còn người thượng tá, trung đoàn phó đã thiệt mạng.
Ngày 5/6/2007, trong lúc huấn luyện, chiếc L-39 thuộc Trung đoàn 910, Học viện Không quân Nha Trang, Quân chủng Phòng không Không quân - Bộ Quốc phòng xuất phát từ sân bay Thành Sơn đã không may va phải chim làm vỡ kính buồng lái, máy bay đâm xuống vùng biển thuộc thôn Vĩnh Trường, xã Phước Dinh, huyện Ninh Phước, tỉnh Ninh Thuận, cách bờ 2 km.
Tai nạn làm 2 phi công là Trần Văn Deo và Lê Lâm Phương thiệt mạng.