Nếu những người ở một thời gian lâu trong vùng sốt rét lưu hành nhưng thực hiện các biện pháp phòng chống sốt rét kém, không hiệu quả; tình trạng tái nhiễm bệnh và tái phát bệnh xảy ra nhiều lần, hết đợt này đến đợt khác thì khi ra khỏi vùng sốt rét lưu hành, ký sinh trùng sốt rét ký sinh trong cơ thể sẽ hết dần nhưng vẫn còn tồn tại những rối loạn chức năng và tổn thương mạn tính ở một số phủ tạng.
Đây có thể là hậu quả của bệnh sốt rét hay trạng thái bệnh lý sau sốt rét nhưng không thể xem sốt rét là một bệnh mạn tính, kinh niên vì thực sự không còn ký sinh trùng trong máu người bệnh. Một số nhà khoa học lại gọi là sốt rét phủ tạng tiến triển.
Các biến chứng của bệnh sốt rét và hậu quả của bệnh sốt rét thường xảy ra ở gan, lách và một số cơ quan khác.
Gan của người bệnh sốt rét có thể bị rối loạn chức năng được biểu hiện bởi thành phần protid toàn phần trong máu giảm, albumin huyết thanh giảm, globulin tăng, cholesterol giảm, tỷ lệ % prothrombin giảm; hay bị rối loạn tiêu hóa.
Bệnh nhân có thể bị viêm gan mạn tính với triệu chứng gan to, bờ cạnh sắc, sờ có cảm giác chắc; người bệnh hay mệt, ăn uống kém tiêu và hay bị rối loạn tiêu hóa... Chẩn đoán xác định bằng cách sinh thiết gan để xét nghiệm.
Ngoài ra, người bệnh có thể bị xơ gan, sau hoại tử gan hoặc là xơ gan phát triển xảy ra cùng một lúc ở cả gan và lách từ một quá trình tăng sinh đa sản của lưới nội mô; đồng thời thiếu dinh dưỡng cũng giữ một vai trò quan trọng trong xơ gan.
Lách của bệnh nhân sốt rét bị sưng to là một triệu chứng đặc trưng của bệnh. Bệnh nhân càng sống lâu trong vùng sốt rét lưu hành thì lách càng to.
Vì vậy, dấu hiệu lách to được sử dụng để làm chỉ số đánh giá về mặt dịch tễ học sốt rét. Trong bệnh sốt rét, lách góp phần vào việc loại trừ các hồng cầu nhiễm ký sinh trùng một cách tích cực, kể cả các hồng cầu có kháng nguyên sốt rét hòa tan trên màng.
Những biến đổi vi thể của lách khi bị mắc bệnh sốt rét có thể thấy là sự tăng sinh các đại thực bào và tế bào nội mạch để làm nhiệm vụ thực bào các hồng cầu nhiễm ký sinh trùng.
Nhiều mao mạch bị tắc nghẽn bởi các hồng cầu bị nhiễm ký sinh trùng tạo ra những ổ hoại tử nhỏ rải rác trong phần tủy lách. Các xoang của lách bị ứ đầy máu.
Ở bệnh nhân bị mắc bệnh sốt rét kéo dài, sự tăng sinh tổ chức liên kết rất rõ rệt làm cho tính chất của lách chắc hơn. Một số bệnh nhân sốt rét thấy xuất hiện hội chứng cường lách, cơ thể người bệnh mặc dù sạch ký sinh trùng trong máu từ lâu nhưng hồng cầu, hồng cầu lưới; có khi cả bạch cầu và tiểu cầu đều giảm thấp.
Trong trường hợp lách sưng to ở những bệnh nhân mới mắc sốt rét: khi hết sốt, hết ký sinh trùng sốt rét thì lách có thể thu nhỏ lại. Ngoài ra, những người sống trong vùng sốt rét lưu hành cũng có thể có lách to, có kháng thể IgM; các kháng thể sốt rét cao và cả gan to...
Trước kia, các nhà khoa học gọi là hội chứng lách to nhiệt đới (tropical splenomegaly syndrom); tuy nhiên, một số nhà khoa học khác lại cho rằng đó là sự đáp ứng miễn dịch quá mức đối với bệnh sốt rét.
Ở một số cơ quan khác cũng bị những biến chứng và hậu quả sau khi mắc bệnh sốt rét như thận gây nên viêm thận tạm thời do nhiễm ký sinh trùng P.falciparum và nguyên nhân chủ yếu là do tắc nghẽn mạch máu và hội chứng thận hư ở trẻ em do nhiễm sốt rét P.malariae thường gặp ở vùng Tây Phi.
Ngoài ra còn gặp tổn thương ống thận cấp tính trong sốt rét tiểu huyết cầu tố. Phù nề cũng là một hậu quả thường gặp của bệnh sốt rét với dấu hiệu mặt nặng, hai chân phù, da bụng dày, protein máu thấp... do nguyên nhân suy dinh dưỡng; cũng có khi do viêm thận mạn tính hoặc hội chứng thận hư do sốt rét gây ra.
Thường tình trạng suy dinh dưỡng và bệnh sốt rét có mối liên quan với nhau. Một số biến chứng và hậu quả khác cũng hay gặp như thiếu sắt, thiếu acid folic trong máu; hạ đường huyết, đau hoặc viêm dây thần kinh...
Sau khi bị mắc bệnh sốt rét, bệnh nhân mang những biến chứng và hậu quả của bệnh là điều không thể tránh khỏi; đặc biệt là người bệnh bị tái nhiễm, tái phát bệnh các đợt liên tiếp do sống trong vùng sốt rét lưu hành và việc điều trị bệnh không bảo đảm đúng nguyên tắc, tiệt căn, dứt điểm.