Quỹ Bảo trì đường bộ này chịu sự quản lý trực tiếp của UBND thành phố, có trụ sở tại số 63 đường Lý Tự Trọng, P.Bến Nghé, Q.1 (tức trụ sở của Sở GTVT).
Nhiệm vụ của Quỹ là tham mưu, đề xuất UBND thành phố phương án và tổ chức thu, quản lý, sử dụng phí sử dụng đường bộ đối với xe mô tô áp dụng trên địa bàn; hướng dẫn cụ thể về mức thu phí, phương thức thu phí, tỷ lệ phần trăm để lại cho đơn vị thu phí, quản lý và sử dụng tiền phí thu được để trình HĐND thành phố xem xét, quyết định.
Quỹ này còn có nhiệm vụ phối hợp với Hội đồng Quản lý Quỹ Bảo trì đường bộ Trung ương xác định tỷ lệ phân chia phí sử dụng đường bộ thu đối với ô tô hàng năm cho Quỹ; khái toán tổng nguồn thu hàng năm của Quỹ để xây dựng phương án sử dụng kinh phí từ Quỹ một cách hiệu quả và hợp lý.
Ngoài ra, UBND TPHCM cũng giao đơn vị này nghiên cứu bổ sung thêm nguồn thu cho Quỹ thông qua hình thức khai thác hệ thống các công trình hạ tầng kỹ thuật hiện hữu. Việc xây dựng, quy định mức thu phí phải căn cứ vào chủ trương chính sách của Nhà nước, tình hình kinh tế - xã hội và đặc điểm của các địa bàn của thành phố trong từng thời kỳ, phù hợp với khả năng đóng góp của người nộp phí.
Thống kê của Ban An toàn giao thông TPHCM cho thấy, tổng số phương tiện xe máy do thành phố đang quản lý hơn 5,8 triệu xe máy. Theo Thông tư số 197/2012/TT-BTC ngày 15/11/2012 của Bộ Tài chính về việc hướng dẫn chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí sử dụng đường bộ theo đầu phương tiện thì mức phí đối với xe máy loại có dung tích xy lanh đến 100cm3 là 50.000 - 100.000 đồng/năm; loại có dung tích xy lanh trên 100cm3 là trên 100.000 đồng đến 150.000 đồng/năm.
Căn cứ vào các mức thu phí này, HĐND TPHCM sắp tới sẽ quyết định mức thu cụ thể đối với địa bàn TPHCM sau khi có đề xuất từ Quỹ.