Theo thông tin từ Cổng thông tin Bộ Công an, trung tướng Triệu Văn Đạt, Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Cảnh sát phòng chống tội phạm, Phó Thủ trưởng Thường trực Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an cho biết: “Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an Việt Nam đã chủ động giao cho các đơn vị chức năng thuộc Cơ quan Cảnh sát điều tra phối hợp với cơ quan thanh tra của Bộ Giao thông Vận tải tiến hành xem xét lại toàn bộ các dự án xây dựng đường sắt đô thị Hà Nội, nhất là các dự án mà Công ty tư vấn JTC Nhật Bản đã trúng thầu để xác định trong quá trình thực hiện dự án có những sai sót, vi phạm gì không?”
Trung tướng Triệu Văn Đạt nhấn mạnh: “Căn cứ vào kết quả giải quyết sự việc của các cơ quan Tư pháp Nhật Bản, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an sẽ thực hiện việc xác minh tin báo, tố giác về tội phạm cũng như thực hiện các yêu cầu tương trợ tư pháp theo qui định của pháp luật. Khi có đủ căn cứ pháp lý, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an sẽ quyết định xử lý vụ việc trên theo đúng qui định của pháp luật Việt Nam và thông lệ quốc tế”.
Về phía Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam, ông Trần Ngọc Thành - Chủ tịch Hội đồng thành viên Tổng công ty Đường sắt VN cho biết, đơn vị này đã quyết định tạm dừng công việc đối với hai phó Tổng giám đốc Công ty Đường sắt VN để làm giải trình là ông Ngô Anh Tảo - Phó Tổng Giám đốc phụ trách Ban Quản lý dự án đường sắt của Tổng Công ty và ông Trần Quốc Đông - nguyên giám đốc Ban quản lý các dự án đường sắt (giai đoạn 2009).
Cũng liên quan đến vụ việc này, Phó Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc đã chỉ đạo Bộ Công an chủ trì, phối hợp với Viện KSNDTC, Bộ GTVT, Bộ Ngoại giao chủ động xác minh, làm rõ và liên hệ với các cơ quan chức năng phía Nhật Bản để thu thập hồ sơ tài liệu làm rõ vụ việc. Theo Phó Thủ tướng, nếu phát hiện có dấu hiệu tội phạm thì khởi tố, điều tra để xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật, báo cáo Thủ tướng Chính phủ.