Trước phiên phúc thẩm, ông Chung gửi đơn giải trình dài 58 trang tới Tòa án Nhân dân cấp cao tại Hà Nội, trong đó khẳng định, từ cuối năm 2015, ông đã yêu cầu tất cả các quận, huyện, sở ngành dừng các dự án về công nghệ thông tin để rà soát, xây dựng hệ thống dùng chung cho toàn thành phố; mục đích nhằm sử dụng có hiệu quả nguồn tiền từ ngân sách thành phố, đảm bảo hiệu quả tiết kiệm, chống lãng phí, thất thoát.
Ông Nguyễn Đức Chung được đưa tới phiên tòa sơ thẩm vụ án gói thầu số hoá xảy ra tại Sở KH&ĐT Hà Nội
Đến tháng 2/2016, UBND TP Hà Nội giao nhiệm vụ cụ thể cho Sở KH&ĐT về việc bổ sung hai nội dung vào kế hoạch đấu thầu và hồ sơ mời thầu gói thầu số hóa. Thứ nhất là phải tích hợp toàn bộ kết quả số hóa hồ sơ đăng ký doanh nghiệp vào phần mềm quản lý doanh nghiệp và hộ kinh doanh cá thể. Thứ hai là toàn bộ dữ liệu này phải được lưu trữ tại cơ sở dữ liệu chung của thành phố.
Tuy nhiên, đến thời điểm chiều ngày 15/5/2016, khi ông Chung gọi điện cho ông Nguyễn Văn Tứ, cựu Giám đốc Sở KH&ĐT để kiểm tra thì được biết Sở này vẫn chưa bổ sung nội dung chỉ đạo nêu trên vào hồ sơ mời thầu.
“Đây chính là nguyên nhân quan trọng số 1 để tôi làm căn cứ yêu cầu anh Nguyễn Văn Tứ phải thực hiện đình chỉ mời thầu vào sáng ngày 16/5/2016”, bản giải trình nêu.
Theo ông Chung, toàn bộ cơ sở dữ liệu về đăng ký doanh nghiệp do Sở KH&ĐT quản lý đã được đấu nối liên thông để chia sẻ dùng chung giữa các đơn vị, nên đã giúp cho việc đăng ký thành lập doanh nghiệp mới của người dân trên địa bàn Hà Nội rút xuống từ 5 ngày còn 1 ngày; từ 7 lần đi lại còn 1 lần.
Chính nhờ kết quả này mà sau đó UBND TP đã tổ chức sắp xếp lại từ 3 phòng đăng ký kinh doanh xuống còn 1 phòng đăng ký kinh doanh (thuộc Sở KH&ĐT Hà Nội). Giảm 2 trưởng phòng, 6 phó phòng và 86 cán bộ. Kết quả này cũng là 1 nguyên nhân quan trọng giúp làm tăng chỉ số CPI của thành phố vào năm 2015 từ thứ 24 xuống thứ 17 vào năm 2016; thứ 14 vào năm 2017 xuống thứ 9 năm 2018.
Ông Chung khẳng định, việc đề xuất cho Công ty Nhật Cường thực hiện thí điểm gói thầu số hóa hồ sơ doanh nghiệp “là đúng nguyên tắc, đúng quy định” (?).