Mặc dù được đánh giá rất cao ở tính linh hoạt cũng như độ tin cậy khi hoạt động, tuy nhiên tai nạn xảy ra với JAS 39 Gripen cũng như nhiều chiến đấu cơ khác là điều không thể tránh khỏi, nguyên nhân bao gồm cả yếu tốt kỹ thuật lẫn do con người.
Tiêm kích JAS 39D Gripen của Không quân Thụy Điển
Vào ngày 2/2/1989, nguyên mẫu thử nghiệm JAS 39-1 đã gặp nạn và bị phá hủy hoàn toàn trong chuyến bay lần thứ sáu tại căn cứ không quân Linköping, rất may phi công thử nghiệm Lars Rådeström đã sống sót với chỉ một khuỷu tay bị gãy cùng vài xây xát nhỏ.
Nguyên nhân tai nạn sau đó được xác định là do lỗi của phi công, ngoài ra cơn gió mạnh xuất hiện bất chợt cũng góp phần không nhỏ vào thảm họa trên.
Mẫu thử nghiệm JAS 39-1 gặp nạn khi hạ cánh tại căn cứ không quân Linköping
Sau đó 4 năm, ngày 8/8/1993 tại Festival Nước tổ chức tại Stockholm, một chiếc JAS 39A của Không quân Thụy Điển đã bị rơi trong khi đang biểu diễn. Phi công kịp bung dù và thoát ra an toàn nhưng máy bay đã rơi tự do xuống dưới, không có khán giả bị thương do điểm chạm đất cách tương đối xa.
Kết quả điều tra một lần nữa chỉ ra lỗi lầm thuộc về phi công, khi đã điều khiển chiếc tiêm kích bay quá chậm ở độ cao rất thấp (chỉ 270 m), dẫn tới xuất hiện hiện tượng thất tốc làm cánh máy bay mất lực nâng.
Tuy nhiên bên cạnh đó cũng có một số vấn đề kỹ thuật, khi hệ thống kiểm soát tự động hay cảnh báo phi công lúc chiếc JAS 39 vượt ngoài giới hạn cho phép đã không hoạt động đúng như thiết kế.
Tiêm kích JAS 39A bị rơi trong khi biểu diễn tại Stockholm Water Festival ngày 8/8/1993
Vụ tai nạn gần nhất của JAS 39 xảy ra với Không quân Hungary vào ngày 6/10/2015, ngay khi cất cánh, phi công phát hiện rằng càng đáp trước của máy bay đã gặp sự cố. Sau khi quần vòng gần 1 giờ trên không để tìm giải pháp khắc phục, đến khi lượng nhiên liệu cạn kiệt, không còn cách nào khác là phải hạ cánh.
Viên phi công đã cố gắng cho chiếc JAS 39 đáp xuống đường băng bằng bụng, tuy nhiên lúc trượt trên phi đạo máy bay đã mất thăng bằng, không thể kiểm soát nổi, phi công không còn cách nào khác ngoài việc bật dù thoát thân.
Trong đoạn video có thể thấy ghế phóng đã bị lỗi khi không tách khỏi phi công, trọng lượng lên tới 80 kg của nó cùng sức nặng người lái là quá tải với chiếc dù, khiến cho phi công bị thương khi tiếp đất.
Tiêm kích JAS 39 của Không quân Hungary hạ cánh bằng bụng