Theo cáo trạng, bị can Phạm Công Danh bị truy tố về hai tội danh. Ở tội danh thứ nhất, với hành vi Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng, Phạm Công Danh và các đồng phạm đã gây thiệt hại cho VNCB tổng số tiền là hơn 7 nghìn tỷ đồng.
Cụ thể, bị can Phạm Công Danh đã chỉ đạo, tổ chức thực hiện lập hồ sơ khống về việc nâng cấp hệ thống Corebanking gây thiệt hại cho VNCB 63,276 tỷ đồng; chỉ đạo, tổ chức thực hiện lập hồ sơ khống về việc thuê trụ sở tại 268 Tô Hiến Thành và 816 Sư Vạn Hạnh, quận 10, TP.HCM gây thiệt hại 581,6 tỷ đồng; chỉ đạo rút 5.190 tỷ đồng tại VNCB nhưng không được sự đồng ý và không có chữ ký của chủ tài khoản Trần Ngọc Bích tại VNCB trên các ủy nhiệm chi và rút 300 tỷ đồng tại VNCB không có hồ sơ vay (liên quan đến 06 sổ tiết kiệm của 3 cá nhân). Phạm Công Danh còn chỉ đạo việc phát hành, ủy thác đầu tư trái phiếu trái quy định, gây thiệt hại cho VNCB 903 tỷ đồng.
Cáo trạng cũng xác định, trong thời gian từ ngày 28.12.2012 đến ngày 11.3.2014, do cần tiền để sử dụng (trả nợ và sử dụng cá nhân), Phạm Công Danh với vai trò là Chủ tịch Hội đồng quản trị VNCB đã tổ chức nhiều cuộc họp để chỉ đạo Phan Thành Mai, Mai Hữu Khương, Nguyễn Quốc Viễn, Hoàng Đình Quyết và Tổ Kế toán - Tài chính Tập đoàn Thiên Thanh sử dụng pháp nhân của 12 công ty thuộc Tập đoàn Thiên Thanh và 2 pháp nhân khác, xây dựng các bộ hồ sơ kinh doanh mua bán nguyên vật liệu khống, phương án trả nợ khống, lập các biên bản họp HĐQT không có thật, chỉ đạo định giá nâng giá các lô đất thuộc Sân vận động Chi Lăng và lô đất tại 209 Trường Chinh, TP.Đà Nẵng lên nhiều lần làm tài sản đảm bảo để vay tại VNCB 5.000 tỷ đồng.
Tiếp đó, Phạm Công Danh đã chỉ đạo sử dụng tiền vay trái với phương án và mục đích kinh doanh, chỉ đạo 15 cá nhân là nhân viên của Tập đoàn Thiên Thanh, chuyển khoản hoặc rút tiền mặt với số tiền là 4.700 tỷ đồng để trả nợ.
Số còn lại 1.465 tỷ đồng, Phạm Công Danh khai chi chăm sóc khách hàng nhưng không giải trình được cụ thể.
Hành vi kể trên của Phạm Công Danh và đồng phạm đã gây thiệt hại cho VNCB hơn 2 nghìn tỷ đồng. Hành vi này đã phạm vào tội "Vi phạm quy định về cho vay trong hoạt động của các tổ chức tín dụng”, quy định tại khoản 3 Điều 179 Bộ luật hình sự.
Được biết, vào năm 1990, Phạm Công Danh từng bị TAND Tối cao xử phạt 6 năm tù về tội Lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản.
Các bị can Phạm Công Danh, Phan Thành Mai, Mai Hữu Khương, Hoàng Đình Quyết, Nguyễn Quốc Viễn, Phan Minh Tùng và Bạch Quốc Hào, bị truy về tội "Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng" và tội "Vi phạm quy định về cho vay trong hoạt động của các tổ chức tín dụng" theo quy định tại khoản 3 Điều 165 và khoản 3 Điều 179 Bộ luật Hình sự.
Các bị can Phạm Việt Thép, Trần Văn Bình, Nguyễn Thị Kim Vân và Lê Công Thảo bị truy tố về tội "Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng", theo quy định tại khoản 3 Điều 165 Bộ luật Hình sự.
Các bị can Nguyễn Quốc Thịnh, Bùi Thị Hà Thu, Nguyễn Văn Cường, Trần Thanh Tùng, Nguyễn An Vinh, Cao Phước Nhàn, Vưu Thị Diệu, Nguyễn Minh Quân, Hồ Thị Đi, Nguyễn Tấn Thành, Nguyễn Chí Bình, Nguyễn Hữu Duyên, Phan Tuấn Anh, Lê Khắc Thái, Lâm Kim Thu, Doãn Quốc Long, Huỳnh Nguyên Sang, Võ Ngọc Nguyễn Bình, Lý Minh, Nguyễn Tiến Hùng, Hoàng Việt Thắng, Nguyễn Quốc Sơn, Bùi Thanh Nguyên, Đặng Đình Tuấn và Thái Minh Thanh, bị truy tố về tội "Vi phạm quy định về cho vay trong hoạt động của các tổ chức tín dụng.
Các bị can nêu trên bị truy tố ra trước Tòa án nhân dân TP.HCM để xét xử. Viện KSND Tối cao ủy quyền cho Viện KSND TP.HCM thực hành quyền công tố và kiểm sát xét xử vụ án.