Căn cứ tài liệu, chứng cứ thu thập trong quá trình điều tra và lời khai của các bị can, Cơ quan CSĐT Công an Đà Nẵng kết luận bị can Lê Công Chí (sinh năm 1975 tại Đà Nẵng, trú tổ 39 phường An Hải Bắc, quận Sơn Trà; là thuyền trưởng tàu du lịch Thảo Vân 2) đã phạm vào tội vi phạm quy định về điều khiển phương tiện giao thông đường thủy gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng được quy định tại khoản 3 Điều 212 Bộ luật Hình sự.
Theo đó, Lê Công Chí đã điều khiển tàu Thảo Vân 2 (số hiệu ĐN0016) chở vượt quá số lượng khách cho phép 21 người; không kiểm tra điều kiện an toàn đối với người và phương tiện... nên gây lật tàu làm chết 3 người, bị thương 4 người có tỉ lệ thương tích từ 11 – 12% (tổng tỉ lệ thương tích là 45%), trong có 2 người nước ngoài.
Thiệt hại về tài sản theo lời khai của 28 bị hại lên đến 616,4 triệu đồng.
Bị can Võ Quốc Hùng (sinh năm 1972, quê quán ở Thăng Bình, Quảng Nam, trú tại 162 Trần Phú, quận Hải Châu, Đà Nẵng; là chủ Doanh nghiệp tư nhân Du thuyền Thảo Vân) đã phạm vào tội đưa vào sử dụng các phương tiện giao thông đường thủy không đảm bảo an toàn gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng, được quy định tại khoản 3 Điều 214 Bộ luật Hình sự.
Theo đó, Võ Quốc Hùng đã đưa tàu Thảo Vân 2 không đủ điều kiện vào hoạt động kinh doanh; sử dụng phương tiện không đúng công dụng như lấy mui tàu bố trí chỗ ngồi cho khách; không bố trí đủ định biên cho tàu chở 28 người, chỉ có 01 người vừa làm thuyền trưởng, vừa lái tàu, vừa làm thợ máy; nhân viên phục vụ trên tàu không có thẻ thuyền viên, không được tập huấn về chuyên môn nghiệp vụ vận tải du lịch; không đăng ký bến bãi cho tàu Thảo Vân 2, không nộp nghĩa vụ thuế trong hoạt động kinh doanh, không thực hiện các nghĩa vụ thu nộp lệ phí bến, hoạt động bất hợp pháp một thời gian dài nhằm thu lợi bất chính...
Bị can Nguyễn Ngọc Quân (sinh năm 1981 tại Hà Nội, trú tại nhà bị can Võ Quốc Hùng; là nhân viên quản lý tàu du lịch Thảo Vân 2) cũng phạm vào tội đưa vào sử dụng các phương tiện giao thông đường thủy không đảm bảo an toàn gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng, được quy định tại khoản 3 Điều 214 Bộ luật Hình sự.
Theo đó, Nguyễn Ngọc Quân đã biết tàu Thảo Vân 2 không đủ điều kiện hoạt động kinh doanh nhưng vẫn đưa vào sử dụng phương tiện không đúng công dụng như lấy mui tàu làm nơi bố trí cho khách ngồi, tổ chức bán vé và đưa khách lên tàu vượt quá số lượng quy định dẫn tới lật tàu.
Bị can Lê Sáu (sinh năm 1975, quê quán ở Đồng Hới, Quảng Bình, trú tại 39 Thanh Hải, phường Thanh Bình, quận Hải Châu, Đà Nẵng; là Giám đốc Cảng vụ đường thủy nội địa Đà Nẵng) phạm vào tội thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng theo quy định tại khoản 2 Điều 285 Bộ luật Hình sự.
Theo đó, bị can Lê Sáu là người chịu trách nhiệm điều hành toàn bộ hoạt động của Cảng vụ đường thủy nội địa Đà Nẵng nhưng đã thiếu trách nhiệm, khôn kiểm tra, xử lý nghiêm việc tàu Thảo Vân 2 hoạt động trái phép từ năm 2015 đến ngày 4/6/2016.
Để chủ tàu neo đậu trái phép tại cảng Sông Hàn, tự do hoạt động trong thời gian dài.
Mặc dù Sở GTVT Đà Nẵng đã chỉ đạo xử lý lai dắt tàu Thảo Vân 2 về neo đậu, quản lý tại trạm biên phòng trước 20h ngày 2/6, không cho hoạt động, nhưng bị can Lê Sáu tổ chức thực hiện không triệt để, thiếu trách nhiệm, để tàu này tiếp tục hoạt động trái phép trong hai đêm 2 – 3/6.
Tối 4/6, bị can này không kiểm tra, xử lý vi phạm, để tàu Thảo Vân 2 tiếp tục bán vé thu tiền, đưa khách lên tàu quá số lượng quy định, dẫn đến lật tàu gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng.
Cơ quan CSĐT Công an Đà Nẵng đã chuyển toàn bộ hồ sơ, vật chứng của vụ án đến Viện KSND TP Đà Nẵng, đề nghị truy tố các bị can nêu trên ra trước pháp luật theo các tội danh và điều luật mà bản kết luận điều tra số 53/KLĐT-PC44 đã viện dẫn. Được biết, có 7 luật sư đã đăng ký bào chữa cho 4 bị can nêu trên.