Bốn doanh nghiệp liên quan gồm: Công ty TNHH Thạch Sơn, DNTN Việt Hùng, Công ty TNHH thương mại và dịch vụ tổng hợp Tân Phát Đạt và Công ty CP Thịnh Phát Quy Nhơn (đều có trụ sở đóng tại TP.Quy Nhơn).
Đối với Công ty TNHH Thạch Sơn (đường Hoa Lư, TP.Quy Nhơn), kết quả xác minh cho thấy, Cục Thuế Bình Định đã hoàn thuế GTGT với số tiền hơn 1,558 tỷ đồng cho công ty này không đúng quy định của nhà nước. V
iệc hoàn thuế GTGT sai cho Công ty TNHH Thạch Sơn đã gây thiệt hại cho ngân sách, trách nhiệm thuộc về Cục Thuế tỉnh Bình Định và Chi cục Thuế Quy Nhơn.
Tại Công ty TNHH Thương mại và Dịch vụ tổng hợp Tân Phát Đạt (đường Trần Hưng Đạo, TP.Quy Nhơn), từ năm 2011 đến tháng 1/2014, doanh nghiệp này 9 lần hoàn thuế GTGT với số tiền gần 62,4 tỷ đồng, số thuế GTGT đã hoàn hiện nay công ty này còn nợ, chưa nộp ngân sách Nhà nước hơn 11,8 tỷ đồng.
Qua kiểm tra cho thấy, đoàn kiểm tra hoàn thuế của Chi cục Thuế Quy Nhơn có dấu hiệu tiếp tay cho Công ty Tân Phát Đạt chiếm đoạt tiền hoàn thuế, có dấu hiệu công ty mua hóa đơn GTGT nhưng không có hàng hóa và hợp thức hồ sơ để chiếm đoạt tiền hoàn thuế của Nhà nước với số tiền hơn 29 tỷ đồng.
Việc cố ý hoàn thuế sai của 2 doanh nghiệp trên, đều do ông Nguyễn Trung Thành - nguyên Phó Cục trưởng Cục trưởng Cục Thuế Bình Định (người ký quyết định hoàn thuế), ông Phạm Ngọc Hải - nguyên Chi cục trưởng Chi cục Thuế Quy Nhơn, hiện là Phó Cục trưởng Cục Thuế Bình Định và một số cán bộ ngành thuế Bình Định liên quan.
Về Công ty CP Thịnh Phát Quy Nhơn (đường Phan Chu Trinh, TP.Quy Nhơn), kết luận thanh tra xác định doanh nghiệp không còn kinh doanh tại nơi đăng ký. Tính đến cuối tháng 6/2018, doanh nghiệp này còn nợ thuế 12,8 tỷ đồng.
Kết luận thanh tra cho thấy, Chi cục Thuế Quy Nhơn áp dụng các biện pháp cưỡng chế chậm, Công ty CP Thịnh Phát Quy Nhơn bán tài sản khi đang nợ thuế lớn nhưng Chi cục Thuế Quy Nhơn không áp dụng biện pháp cưỡng chế phù hợp để yêu cầu công ty trả nợ thuế, chấp nhận cho công ty này trả dần nợ thuế khi không có bảo lãnh của các tổ chức tín dụng là không đúng quy định.
Theo kết luận thanh tra, người chịu trách nhiệm chính về những sai phạm trên thuộc về ông Phạm Ngọc Hải - nguyên Chi cục trưởng Chi cục Thuế Quy Nhơn, hiện là Phó Cục trưởng Cục Thuế Bình Định và ông Nguyễn Thanh Hải - nguyên Đội trưởng Đội Kiểm tra thuế số 1 thuộc Chi cục Thuế Quy Nhơn, hiện là Phó trưởng Phòng Tổ chức thuộc Cục Thuế Bình Định và các cá nhân, tập thể có liên quan.
Thành lập năm 2008, DNTN Việt Hùng (đường Nguyễn Huệ, TP.Quy Nhơn) đăng ký ngành nghề kinh doanh chính là mua bán sim card điện thoại, hiện Công an tỉnh đang điều tra về hành vi trốn thuế của doanh nghiệp này theo hồ sơ kiểm tra của đoàn kiểm tra liên ngành TP.Quy Nhơn.
Với các hành vi sai phạm trong công tác quản lý thuế, Chủ tịch UBND tỉnh Bình Định đã yêu cầu ông Nguyễn Công Thành, ông Phạm Ngọc Hải, ông Nguyễn Trung Thành (nguyên Phó Cục trưởng) và một số cán bộ thuế liên quan có trách nhiệm thu hồi gần 13,4 tỷ đồng tiền hoàn thuế GTGT sai quy định, thời gian thu hồi trong 30 ngày kể từ ngày 10/12/2018.
Bên cạnh đó, Chủ tịch UBND tỉnh Bình Định giao Thanh tra tỉnh chuyển toàn bộ hồ sơ về hành vi "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn cố ý làm trái quy định Nhà nước về quản lý thuế" qua Cơ quan điều tra Công an tỉnh Bình Định để điều tra, làm rõ.