Cụ thể, năm 2010 Bộ Kế hoạch - đầu tư đã tổ chức thanh tra công tác đấu thầu các dự án do Tổng công ty đường sắt Việt Nam (ĐSVN) thực hiện trong giai đoạn 2008-2009, trong đó bao gồm cả dự án ĐSĐT Hà Nội (tuyến số 1).
Ngày 29-7-2010, Bộ Kế hoạch - đầu tư có kết luận thanh tra cho thấy việc tổ chức đấu thầu gói thầu dịch vụ tư vấn kỹ thuật (HURC1 - 001) của dự án mà liên danh JKT trúng thầu (Liên danh gồm 8 nhà thầu do JTC đứng đầu) không có dấu hiệu sai phạm ngoài việc chậm triển khai một số công việc liên quan đến quy định về thời gian trong đấu thầu.
Theo Cục QLXD & CLCTGT, gói thầu HURC1-001 bao gồm việc khảo sát, lập thiết kế kỹ thuật; hỗ trợ đấu thầu, giám sát công tác đền bù giải phóng mặt bằng và tái định cư, môi trường tự nhiên xã hội; hỗ trợ thiết lập hệ thống quản lý vận hành.
Khi triển khai đấu thầu gói thầu trên, Ban quản lý các dự án đường sắt (RPMU thuộc ĐSVN) đã gửi văn bản tới 12 công ty tư vấn mời nộp hồ sơ quan tâm (5 công ty do Ngân hàng Hợp tác quốc tế Nhật Bản - JBIC giới thiệu và 7 công ty khác từng thực hiện dự án tại Việt Nam). Đến thời điểm hết hạn nộp hồ sơ quan tâm có 4 nhà thầu nộp hồ sơ gồm Liên danh KT, công ty Ingerosec Corp (IC), liên danh JPSC và liên danh JKT do JTC đứng đầu.
Đến ngày 7-2008, ĐSVN có quyết định phê duyệt danh sách ngắn và JBIC cũng có văn bản chấp thuận danh sách ngắn gồm 3 nhà thầu là Liên danh JKT, Liên danh KT và nhà thầu IC. Ngày 12-11-2008, RPMU phát hành hồ sơ mời thầu nhưng Liên danh KT không đến nhận, chỉ có JKT và IC đến nhận hồ sơ.
Tuy nhiên, lúc 9g sáng 14-1-2009, RPMU tổ chức mở thầu với một hồ sơ dự thầu nhận được của JKT, còn Công ty IC không nộp hồ sơ dự thầu.
Trước sự việc này, RPMU đã báo cáo ĐSVN, ĐSVN báo cáo Bộ GTVT xử lý tình huống chỉ có một nhà thầu nộp hồ sơ dự thầu. Trên cơ sở ý kiến chấp thuận của nhà tài trợ JICA, Bộ GTVT đã cho phép mở hồ sơ đề xuất kỹ thuật gói thầu HURC1 -001 để đánh giá hồ sơ dự thầu của liên danh JKT.
Kết quả đánh giá JKT đạt 88,02/100 điểm, trong khi yêu cầu tại hồ sơ mời thầu lớn hơn 80 điểm. JICA đã có văn bản thông qua kết quả đánh giá vào ngày 4-2-2009.
Ngày 25-8-2009, Bộ GTVT có quyết định phê duyệt kết quả lựa chọn nhà thầu gói thầu HURC1 - 001. Theo đó, liên danh do JTC đứng đầu giành được hợp đồng với giá trúng thầu 2,9 tỉ yen và 320 tỉ đồng (tương đương 839,8 tỉ đồng) với thời gian thực hiện hợp đồng 74 tháng.
Ngày 4-8-2009, JICA đã có văn bản không phản đối kết quả đàm phán tài chính và dự thảo hợp đồng gói thầu nên đến ngày 9-9-2009, ĐSVN đã ký hợp đồng với liên danh JKT để thực hiện gói thầu dịch vụ tư vấn kỹ thuật (HURC1 - 001).
Theo một lãnh đạo Cục QLXD & CLCTGT, hiện tượng một nhà thầu nộp hồ sơ đấu thầu từng xảy ra tại các gói thầu tư vấn và xây lắp sử dụng vốn vay ODA Nhật Bản, nhất là các gói thầu sử dụng vốn vay theo điều kiện đặc biệt (STEP) như dự án cầu Nhật Tân, nhà ga T2 Nội Bài, đường ô tô Tân Vũ - Lạch Huyện.
Dù đến thời điểm này các cơ quan liên quan chưa có giải thích cho tình huống chỉ một nhà thầu nộp hồ sơ dự thầu nhưng vấn đề này cũng được Bộ GTVT đặt ra trong chuyến đi Nhật Bản của thứ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Ngọc Đông để xác minh thông tin tư vấn JTC khai nhận hối lộ cán bộ ĐSVN.
Cụ thể, ông Đông đã đề nghị JICA nghiên cứu cải tiến quy chế vốn vay theo hình thức STEP để tăng tính cạnh tranh, tránh trường hợp đến giai đoạn mở thầu chỉ có một nhà thầu tham gia, dẫn đến việc chi phí bỏ thầu tăng cao.
