Liên quan đến vụ án này, trước đó, ngày 16/6/2017, CQĐT – Bộ Công an đã khởi tố vụ án cố ý làm trái quy định của nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng xảy ra tại PVTex và Công ty Cổ phần đầu tư xây lắp Kinh Bắc (PVC.KBC), đồng thời khởi tố bị can để điều tra về tội danh trên đối với Vũ Đình Duy cùng 4 bị can khác, gồm: ông Trần Trung Chí Hiếu, nguyên Chủ tịch HĐQT PVTex, Vũ Phương Nam - Kế toán trưởng, Đào Ngọ Hoàng - nguyên trưởng Phòng thương mại hợp đồng PVTex và Đỗ Văn Hồng - Chủ tịch HĐQT kiêm tổng giám đốc công ty PVC.KBC.
Theo kết quả điều tra, vào tháng 8/2009, HĐQT Cty PVTex ban hành nghị quyết, thông qua chủ trương đầu tư xây dựng nhà ở cho cán bộ, công nhân viên của công ty.
Sau khi được UBND TP Hải Phòng cấp đất, Sở Xây dựng TP Hải Phòng cấp chứng chỉ quy hoạch cho việc xây dựng, PVtex lập báo cáo đầu tư dự án nhà ở nói trên tại lô đất N3 khu công nghiệp Đình Vũ (phường Đông Hải, quận Hải An) với tổng mức đầu tư hơn 318 tỷ đồng.
Nguồn vốn thực hiện dự án bao gồm nguồn vốn chủ sở hữu của PVTex và vốn vay của PVN. Song song việc lập, thẩm định, phê duyệt dự án, PVTex đã tiến hành các thủ tục chỉ định thầu.
Mặc dù liên danh nhà thầu PVC.KBC và HEERIM-PVC không đủ năng lực, kinh nghiệm... nhưng do có quan hệ từ trước với Đỗ Văn Hồng (PVC.KBC lúc đó đang thi công các hạng mục phụ trợ tại dự án Nhà máy sản xuất xơ sợi Polyeste Đình Vũ do PVTex làm chủ đầu tư) nên Vũ Đình Duy đã ký văn bản gửi PVN đề nghị cho phép PVTex được chỉ định và ký hợp đồng với liên danh PVC.KBC, HEERIM-PVC thực hiện gói thầu Lập dự án đầu tư, thiết kế, cung cấp thiết bị và thi công xây lắp Khu nhà ở cho cán bộ, công nhân viên PVTex. Việc làm này là trái với các quy định của pháp luật.
Không chỉ lợi dụng chức vụ, quyền hạn để chỉ định và ký hợp đồng giao PVC.KBC cùng nhà thầu liên danh HEERIM-PVC thực hiện gói thầu nêu trên, ông Trần Trung Chí Hiếu, Chủ tịch HĐQT PVTex còn chỉ đạo liên danh nhà thầu thi công khu nhà ở từ nhà chung cư thành nhà liền kề, trái với thiết kế cơ sở được duyệt.
Bên cạnh đó, ông Hiếu còn chỉ đạo Đào Ngọ Hoàng, Vũ Phương Nam làm thủ tục tạm ứng 20 tỷ đồng của PVC.KBC, trái với quy định, gây thiệt hại cho dự án 19,1 tỷ đồng và gần 300 triệu tiền lãi phát sinh.
Đáng chú ý, CQĐT làm rõ, bị can Trần Trung Chí Hiếu đã nhận 10% cổ phần tại PVTex Kinh Bắc, tương đương 3 tỷ đồng của Đỗ Văn Hồng để thực hiện thỏa thuận tạo điều kiện cho Hồng và PVC.KBC được liên kết với PVTex thành lập Cty CP PVTex Kinh Bắc do chính Hồng làm chủ tịch.
Sau khi được chia “hoa hồng”, ông Hiếu chỉ đạo PVTex bao tiêu sản phẩm của PVTex Kinh Bắc.
Đối với Đỗ Văn Hồng, với lý do để có kinh phí thực hiện Hợp đồng số 14, Hồng đã ký đề xuất tạm ứng 20 tỷ đồng từ PVTex.
Sau khi nhận tiền, Hồng không thực hiện hợp đồng, gây thiệt hại cho dự án số tiền là hơn 19,1 tỷ đồng và gần 300 triệu đồng tiền lãi không kỳ hạn phát sinh.
Do Hồng đã chủ động khai báo trước khi bị phát giác nên Cơ quan điều tra đề nghị miễn trách nhiệm hình sự đối với Hồng.
Cũng theo kết quả điều tra, Vũ Đình Duy với tư cách là Tổng Giám đốc PVTex có hành vi tương tự như Trần Trung Chí Hiếu, và đã phạm vào các tội "Cố ý làm trái..." và "Nhận hối lộ".
Ngoài ra, theo lời khai của Đỗ Văn Hồng, trong quá trình PVC.KBC thực hiện các dự án do PVTex làm chủ đầu tư, Duy còn "vòi vĩnh" và nhận của Hồng hơn 8,8 tỷ đồng.
Tuy nhiên, do thời hạn điều tra đã hết, Vũ Đình Duy đang bỏ trốn nên Cơ quan điều tra đã tách vụ án, tiếp tục điều tra, xử lý sau đối với Vũ Đình Duy.