Theo cáo trạng truy tố, trong quá trình điều tra vụ án, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã quyết định khởi tố 7 bị can về tội “Vi phạm quy định về xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng” đối với các thành viên Hội đồng quản trị Vinaconex (giai đoạn năm 2003-2004), gồm các ông: Phí Thái Bình (Chủ tịch Hội đồng quản trị), Nguyễn Văn Tuân (Ủy viên Hội đồng quản trị, Tổng Giám đốc), Hoàng Hợp Thương, Vũ Đình Chầm, Tô Ngọc Thành (Ủy viên hội đồng quản trị); và 2 người có trách nhiệm tham mưu, đề xuất là Lại Văn Bích (Giám đốc Ban quản lý Dự án), Nguyễn Đức Lưu (Trưởng phòng đầu tư Tổng Công ty Vinaconex) về hành vi đề xuất, quyết định cho thay đổi vật liệu ống từ ống gang dẻo sang ống composite cốt sợi thủy tinh khi chưa lập, thẩm định hiệu quả của việc thay đổi và giao cho Công ty cổ phần Ống sợi thủy tinh Vinaconex sản xuất, cung cấp ống cho dự án, khi đơn vị này mới được thành lập, chưa đủ năng lực thực hiện.
Sau khi nhận được đề nghị phê chuẩn các quyết định khởi tố bị can nêu trên, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao đã yêu cầu Cơ quan Cảnh sát điều tra (Bộ Công an) thu thập tài liệu chứng cứ để làm rõ căn cứ khởi tố bị can.
Quá trình điều tra bổ sung, Cơ quan điều tra đã yêu cầu cơ quan chuyên môn làm rõ: Hội đồng quản trị Vinaconex có vi phạm gì trong việc thay đổi vật liệu tuyến ống từ ống gang dẻo sang ống composite cốt sợi thủy tinh và việc thay đổi này có phải là một trong những nguyên nhân gây ra sự cố vỡ ống khi vận hành không?
Kết luận giám định bổ sung số 107/BXD-GĐ của Bộ Xây dựng ngày 30/9/2016 đã kết luận: “Nếu ống sản xuất có chiều dày, các thông số kỹ thuật đúng như thiết kế kỹ thuật, thiết kế bản vẽ thi công và quá trình sản xuất, thí nghiệm, kiểm tra, vận chuyển, thi công lắp đặt, giám sát, nghiệm thu, thử nghiệm, vận hành và khai thác sử dụng tuân thủ chặt chẽ các tiêuu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật, yêu cầu của thiết kế và các quy định có liên quan thì không thể gây ra sự cố vỡ đường ống”.
Thực tế hiện nay, có nhiều công trình ở trong nước sử dụng ống composite cốt sợi thủy tinh để chuyển dẫn nước, Công ty cổ phần nước sạch Vinaconex (Viwasupco) cũng vẫn sử dụng loại ống composite cốt sợi thủy tinh để thay thế các ống bị vỡ nhưng vẫn đảm bảo chất lượng.
Do đó, việc thay đổi vật liệu từ ống gang dẻo sang ống composite cốt sợi thủy tinh cho tuyến ống truyền tải nước sạch của Dự án cấp nước Sông Đà - Hà Nội không phải là nguyên nhân gây ra vỡ tuyến ống truyền tải nước.
Thêm vào đó, cơ quan tố tụng xác định: Việc Hội đồng quản trị Vinaconex chỉ định Công ty cổ phần Ống sợi thủy tinh Vinaconex là nhà thầu cung cấp ống composite cốt sợi thủy tinh và phụ kiện cho dự án là đúng thẩm quyền, phù hợp với tổ chức hoạt động của doanh nghiệp , phù hợp với hình thức đầu tư dự án.
Trên cơ sở đó, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao cho rằng: Tài liệu điều tra đến nay chưa có căn cứ để xác định hành vi đề xuất, quyết định thay đổi vật liệu ống từ ống gang dẻo sang ống composite cốt sợi thủy tinh và giao cho Công ty cổ phần Ống sợi thủy tinh Vinaconex sản xuất, cung cấp ống cho dự án của các ông: Phí Thái Bình, Nguyễn Văn Tuân, Hoàng Hợp Thương, Vũ Đình Chầm, Tô Ngọc Thành, Lại Văn Bích, Nguyễn Đức Lưu là nguyên nhân trực tiếp dẫn đến vỡ đường ống truyền tải nước sạch của Dự án cấp nước Sông Đà - Hà Nội.
Hành vi của những người này không đồng phạm với các bị can đã khởi tố, nên không đủ yếu tố cấu thành tội “ Vi phạm quy định về xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng ”.
Theo đó, ngày 14/12/2017, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao đã quyết định hủy bỏ quyết định khởi tố bị can đối với các ông: Phí Thái Bình, Nguyễn Văn Tuân, Hoàng Hợp Thương, Vũ Đình Chầm, Tô Ngọc Thành, Lại Văn Bích và Nguyễn Đức Lưu.