Ngược dòng lịch sử, năm 1558, Đoan quận công Nguyễn Hoàng – con thứ hai của Nguyễn Kim được vua Lê cho vào trấn thủ trấn Thuận Hóa theo kế sách “Hoành sơn nhất đái vạn đại dung thân” của Trạng Trình Nguyễn Bỉnh Khiêm nhằm tránh thế lực nhà Trịnh. Năm 1570, Nguyễn Hoàng được nhà vua cho kiêm lãnh trấn Quảng Nam. Tháng 7 năm Nhâm Dần (1602), chúa Tiên Nguyễn Hoàng thành lập Dinh trấn Quảng Nam ban đầu tại xã Cần Húc ( Duy Xuyên) sau dời về Thanh Chiêm huyện Điện Bàn.
Ba năm sau, Chúa cho tách huyện Điện Bàn lúc đó thuộc trấn Thuận Hóa ra khỏi Thuận Hóa, thăng làm phủ lãnh 5 huyện: Tân Phước, An Nông, Hòa Vang, Diên Khánh và Phú Châu. Cũng vào năm này, phủ Hoài Nhân được đổi thành phủ Quy Nhơn, cũng trực thuộc Quảng Nam Dinh.
Hình ảnh tàu thuyền tấp nập trên sông Hội An (Nguồn: "Một chuyến du hành đến xứ Nam Hà (1792-1793)" của tác giả John Barraow, Nguyễn Thừa Hỷ dịch)
Nhà nghiên cứu Phan Khoang nói về sự ra đời của dinh Quảng Nam như sau: “…Sau khi ở Đông Đô về (1600), Đoan quận công dời Dinh sang phía đông dinh Ái Tử trước kia, bấy giờ gọi là Dinh Cát, rồi nhân nhận thấy trấn Quảng Nam đất tốt, dân đông, sản vật giàu có, số thuế thu vào nhiều hơn đất Thuận Hóa mà số quân thì cung bằng quá nửa, nên có ý kinh doanh đất này.
Hoằng Định năm thứ ba (1602) Chúa đi chơi núi Hải Vân, thấy núi non hiểm trở, phán rằng “Chỗ này là đất yết hầu của miền Thuận Quảng”, Chúa lại vượt qua núi xem xét hình thế , sai lập dinh ở xã Cần Húc (sau này là làng Vân Đông kề làng Thanh Chiêm - NV), xây kho tàng, chứa lương thực, rồi sai công tử thứ sáu là Nguyễn Phước Nguyên trấn giữ” (Phan Khoang - Việt sử xứ Đàng Trong 1558-1777-Nxb Khai Trí, Sài Gòn 1967 tr.161).
Theo sách “Ô Châu cận lục” do Dương Văn An nhuận sắc (1553) thì trong số 66 xã của huyện Điện Bàn có ghi chép một số xã hiệu nằm ở phía Bắc làng Thanh Chiêm như Phong Hồ (nay là phường Điện Nam Bắc-thị xã Điện Bàn), phía đông làng Thanh Chiêm như Lai Nghi (nay thuộc phường Điện Nam Đông-thị xã Điện Bàn) và hai làng thuộc Hội An ngày nay như Hoài Phô, Cẩm Phô…” (Dương Văn An (nhuận sắc) - Ô Châu cận lục - NXB Giáo Dục, Hà Nội 2009 tr.38,39).
Hội An - người nước ngoài thường gọi là Faifo - trước đó từng là cửa biển lớn của Champa với cụm đảo Cù Lao Chàm (Tiêm Bất La) và Đại Chiêm hải khẩu. Đây là cửa ngõ miền Amatavati của vương quốc Champa không xa thánh địa Mỹ Sơn và các kinh đô Sinhapura (Trà Kiệu), Indrapura (Đồng Dương). Năm 1653, A.De Rhodes trong sách “Những cuộc hành trình và truyền giáo tại Trung Hoa và những vương quốc khác ở phương Đông” ghi bản đồ Đại Việt thì vùng Hội An được gọi là Hải Phố (Fayfo hay Faifo).
Như vậy việc lập Dinh trấn Quảng Nam hay Thanh Chiêm, người phương Tây thời đó gọi là Cac-ciam hay Dinh ciam-Dinh Chiêm, Kẻ Chiêm, Kẻ Chàm. Thanh Chiêm chỉ cách Hội An 6 dặm (hơn 8 km) rất thuận tiện cho việc kiểm soát xuất nhập khẩu hàng hóa và ngoại thương, cũng như tiện việc giao tiếp với thương nhân nước ngoài thời đó. Thanh Chiêm nằm ngay trên đường thiên lý Bắc Nam và ngoài thủy lộ chính Thu Bồn, Cổ Cò (Lộ Cảnh Giang), về sau (vào thời các vua Nguyễn) Thanh Chiêm còn nối với Touron (Tourance, Đà Nẵng) qua sông đào Vĩnh Điện
Dinh trấn Quảng Nam có vai trò hết sức quan trọng với sự thăng hoa của Hội An phố (Faifo) - nơi có Đại Chiêm hải khẩu - với chính sách ngoại thương thoáng mở của các chúa Nguyễn như chính sách “trú đông”, “lưu đông” hay cho thương nhân nước ngoài cư trú vô thời hạn, được dựng làng, lập phố có chế độ “tự quản riêng” như trường hợp “Phố Hoa”, “Phố Nhật” ở Hội An. Trong khoảng thời gian từ 1604 đến 1634, số thương thuyền Nhật đến Hội An hiếm tới một phần tư số thương thuyền Nhật cập bến các nước Đông Nam Á.
Hội An trở thành đô thị thương cảng sầm uất và thịnh vượng bắt đầu từ đầu thế kỷ XVII. Hội An không những là thương cảng quan trọng của Việt Nam mà còn là trung tâm buôn bán lớn của Đông Nam Á, một trạm dừng chân tiện lợi trong hành trình thương mại của các thương thuyền vùng Viễn Đông.
Hội An cùng với chính sách “mở cửa” - trong tầm nhìn địa - chính trị, địa - kinh tế của các Chúa Nguyễn đã mở ra một thị trương tiêu thụ rộng lớn của khu vực đồng thời cũng là nơi cung cấp nguồn vật liệu hết sức dồi dào cho các nước. Các thương thuyền phương Tây liên tiếp đến giao thương.
Christoforo Borri ghi nhận “trong khoảng hơn 100 dặm, người ta có thể đếm được trên 60 hải cảng, nơi cập bến lên bộ, trong đó Hội An là hải cảng đẹp nhất được tất cả ngoại kiều đến” và “người Trung Hoa và Nhật Bản là thương khách chủ yếu trong hội chợ năm nào cũng mở, kéo dài gần bốn tháng ở Hội An” (C.Borri - Xứ Đàng Trong năm 1621 - Nxb TP HCM 1998 tr.89-91).
Theo các nhà đô thị học - đường sá Hội An phát triển từ Bắc xuống Nam - đầu tiên là đường Nhật Bản (đường Nguyễn Thị Minh Khai), sau đó là đường Quảng Đông (đường Nguyễn Thái Học) sau cùng mới đến đường bờ sông, người Pháp gọi là bến thuyền (Quai) tức đường Bạch Đằng hiện nay.
Các kiến trúc cổ của Hội An phát triển từ Tây sang Đông, hướng về biển. Như vậy, đô thị thương cảng Hội An đã hình thành đồng thời với sự phát triển của kinh tế ngoại thương Đàng Trong vào khoảng cuối thế kỷ XVI đầu thế kỷ XVII, trong suốt thế kỷ XVII Hội An phát triển mạnh, phố phường sầm uất, nhà cửa san sát, tàu thuyền ra vào tấp nập, thực sự nhộn nhịp “trên bến dưới thuyền”
Sau một thế kỷ vang bóng, đến cuối thế kỷ XVIII, tình hình chính trị Đàng Trong rối ren, Trương Phúc Loan chuyên quyền tàn bạo, nhân dân dân sống lầm than vì sưu cao thuế nặng, năm 1773 khởi nghĩa nông dân Tây Sơn nổi lên, rồi quân Trịnh đánh chiếm Phú Xuân, Quảng Nam.
Trận đánh giữa quân Trịnh và quân Tây Sơn đã tàn phá Hội An” Quân Trịnh đã tàn phá Hội An, làm ngưng trệ mọi hoạt động trong một thành phố có thể gọi là một trung tâm lớn của nền ngoại thương” (Jear Koffler-Những người Bồ Đào Nha trên bờ biển Chiêm Thành-dẫn theo “Đô thị cổ Việt Nam” - Viện sử học-NXB KHXH, H.2020 tr.254).
Tuy trải qua chiến tranh nhưng Hội An cũng nhanh chóng được tái thiết và vẫn là một hải cảng quan trọng trong thế kỷ XIX. Cũng trong giai đoạn đầu thế kỷ XIX Hội An mở rộng về quy mô, năm Gia Long thứ 13 (1815) tổng diện tích chỉ có 17 mẫu 7 sào 10 thước, năm Thiệu Trị thứ nhất (1841) sông Thu Bồn bồi thêm 1 mẫu 3 sào 9 thước - mở thêm con đường mới (Tân Lộ) nay là phố Nguyễn Thái Học, đến năm Tự Đức thứ XVII (1864) bãi sông phía Tây Nam lại bồi thêm 1 mẫu 1 sào 1 thước, tám năm sau (1872) mở thêm con đường nữa tức đường Bạch Đằng bây giờ.
Chính sự bồi tụ này mà những điều kiện tự nhiên của Hội An không còn thuận tiện như trước nữa. Các sông Thu Bồn, Cổ Cò, Trường Giang thay đổi dòng chảy, nhưng đoạn sông trước đây nước sâu đã bị bồi lấn, lấp cạn dần trở thành các khu đất mới.
Cửa Đại cũng bị bồi cạn tàu lớn khó vào ra.Vị trí kinh tế của Hội An cũng suy giảm dần. Thêm vào đó là sự phát triển mạnh của hệ thống đường bộ, Hội An nằm khá xa Quốc lộ 1 (đường thiên lý Bắc Nam) nên dần nhường vai trò cho Đà Nẵng - một trung tâm thương mại mới đầu thế kỷ XX
Như vậy Hội An từng là một đô thị thương cảng (Ville port de commerce) - đúng như các nhà sử học quốc tế đã nhận định “Hội An là một kiểu mẫu tiêu biểu ở Việt Nam và khu vực Đông Nam Á thời trung - cận đại về con đường hình thành và phát triển của nó”.
Hội An hiện có hơn 1360 di tích văn hóa - kiến trúc
Về di sản vật thể, Hội An hiện có hơn 1360 di tích văn hóa - kiến trúc. Trong đó có 1273 di tích kiến trúc nghệ thuật bao gồm nhiều loại hình di tích như: Nhà ở, nhà thờ tộc, đình, chùa, hội quán, nhà thờ Công giáo, thánh thất, cầu, giếng, chợ, lăng - miếu và mộ
Về di sản văn hóa tinh thần, người Hội An được nhìn nhận là những người sống tình nghĩa, hiếu khách, có mối quan hệ tộc, họ, làng, phố, xóm, thôn bền vững, gắn kết đúng như câu ca dao Quảng Nam “Hội An phố chật người đông - nhân tình thuần hậu, lá bông đủ màu”. Hội An là nơi hình thành và phát triển các tôn giáo lớn như Phật Giáo Đàng Trong với dòng Thiền Lâm Tế tổ đình Chúc Thánh.
Hội An là nơi du nhập đạo Thiên Chúa vào Việt Nam đầu thế kỷ XVII. Hội An là một vùng đất “tâm linh” với rất nhiều lễ hội truyền thống và cũng là miền đất ẩm thực đặc sắc bởi sự giao lưu, tiếp biến văn hóa ẩm thực với các nước từ nhiều thế kỷ trước - đúng như sự tôn vinh của UNESCO năm 1999 “Hội An là tiêu biểu cho sự giao hòa giữa các nền văn hóa", là “nơi bảo tồn gần như nguyên vẹn các hình thái kiến trúc của một thương cảng trung đại tiêu biểu của châu Á”…