Tổ chức khủng bố Al-Qaeda đã từ lâu luôn coi Syria là một cái gai trong mắt cần phải lật đổ. Cũng không phải ngẫu nhiên mà các tổ chức Hồi giáo có liên hệ với Al-Qaeda như Mặt trận Nursa lại trở thành đồng minh của lực lượng nổi dậy Syria.
Như vậy nếu Mỹ can thiệp quân sự vào Syria, liệu nước Mỹ sẽ quyết định tiêu diệt cả những tổ chức nằm trong chi nhánh của Al-Qaeda hay làm ngơ để lật đổ chế độ của Tổng thống Assad. Dù thế nào chính quyền Mỹ cũng sẽ khó xử bởi Al-Qaeda từng là mục tiêu mà Mỹ săn đuổi gắt gao nhất sau vụ tấn công khủng bố kinh hoàng ngày 11/9. Những nỗ lực tiêu diệt trùm khủng bố Osama bin Laden có mâu thuẫn với những gì mà chính quyền Mỹ muốn tấn công quân sự vào Syria.
Ở một khía cạnh khác nếu Mỹ quyết định loại bỏ cả thế lực của Al-Qaeda tại Syria thì nhiều khả năng quân đội Mỹ sẽ một lần nữa sa lầy như trong các cuộc chiến tranh tại Afghanistan hay Iraq. Nếu sử dụng Al-Qaeda làm công cụ tiến đánh Syria, Al-Qaeda có thể hỗ trợ quân đội Mỹ cung cấp thông tin một số các cơ sở bí mật của quân đội chính phủ Syria tạo điều kiện cho những cuộc tấn công bằng tên lửa và bom trở nên dễ dàng hơn.
Nguyên nhân Mỹ và đồng minh muốn tiến đánh Syria cũng khá mơ hồ bởi những chứng cứ đang được xác minh bởi các thanh sát viên LHQ. Những hình ảnh về một cuộc tấn công bằng khí gas duy nhất được chứng minh bởi các đoạn video được đăng tải lên Youtube. Mọi người đã quá tập trung vào thảm kịch xảy ra ở thủ đô Damascus mà quên mất rằng các chiến binh Hezbollah cũng đã bị ngộ độc khí gas trong cùng thời điểm diễn ra ở Damascus. Không có lý do nào khiến lực lượng Hezbollah chiến đấu cùng với quân đội chính phủ lại gặp phải khí gas do chính đồng minh gây ra.
Lịch sử cho thấy rằng tấn công Syria Mỹ sẽ mất nhiều hơn là được. Ngày 4 tháng mười hai năm 1983, chiếc máy bay ném bom A-6 của Mỹ trong nhiệm vụ oanh tạc cơ sở vũ khí của Syria đã bị tên lửa Strela có xuất xứ từ Nga bắn rơi. Một phi công thiệt mạng còn người lái phụ bị giam giữ tại Damascus gần một tháng trước khi chính quyền Syria trao trả lại tù binh cho Mỹ.
Dư luận chấn an rằng Mỹ và các đồng minh chỉ dự kiến một cuộc tấn công chớp nhoáng bằng tên lửa và bom trong vòng từ một đến hai ngày nhưng liệu một khi dấn thân vào cuộc chiến với Syria, Mỹ có thể nhanh chóng giành chiến thắng trước những thế lực đến từ Nga, Iran hay tổ chức Hezbollah.
