Ninjutsu bao gồm những phương pháp và kỹ thuật đặc biệt để chế ngự đối phương một cách nhẹ nhàng trong các trận chiến. Theo một số tài liệu, môn võ Ninjutsu có nguồn gốc từ vùng Honshu của Nhật Bản. Tuy nhiên, có một số tài liệu lại cho rằng môn võ huyền bí trên xuất phát từ Trung Quốc.
Một số nhà nghiên cứu thì Ninjutsu có nguồn gốc từ Tôn Tử hay Tôn Võ Tử (thời Xuân Thu 722 - 481 TCN). Tôn Tử đã soạn ra bộ binh pháp trình bày những cách dụng binh hiệu quả, trong đó có việc sử dụng gián điệp thời chiến tranh trong trường hợp cần thiết.
Sau đó, những chiến thuật về gián điệp của Tôn Tử đã du nhập vào Nhật Bản. Lãnh chúa Shotoku (Thánh Đức Thái Tử, 593 - 622) đã sử dụng chiến thuật gián điệp trên lần đầu tiên là khi ra ông lệnh cho thuộc hạ xâm nhập vào lòng địch, do thám tình hình kẻ thù để có đối sách, chiến lược ứng phó kịp thời.
Kể từ đó, môn võ Ninjutsu dần dần phát triển ở Nhật Bản. Đến năm 1192, Ninjutsu bắt đầu phát triển mạnh và bành trướng rộng rãi ở nhiều vùng lãnh thổ Nhật Bản.
Xuyên suốt lịch sử, Shinobi (Ninja) là những sát thủ, do thám và điệp viên được thuê phần lớn bởi các lãnh chúa (daimyō). Ninja chủ yếu được biết đến với việc sử dụng kĩ thuật tàng hình và những mưu mẹo. Trong suốt chiều dài lịch sử, nhiều môn phái khác nhau đã giảng dạy những phiên bản ninjutsu bí truyền của riêng họ.
Một ví dụ cho điều này là môn phái Togakure-ei, được xây dựng sau khi một samurai bại trận có tên Daisuke Togakure đã tẩu thoát đến vùng Iga. Sau đó, Daisuke Togakure đã liên lạc với Kain Doshi - một nhà sư chiến binh (tăng binh), người đã dạy cho ông cách nhìn mới về cuộc sống và ý nghĩa của sự sống còn (ninjutsu).
Theo nhiều nhà nghiên cứu võ học, Ninjitsu truyền thống và Ninjitsu hiện đại không cách xa nhau lắm.
Chương trình huấn luyện Ninjitsu truyền thống cũng bao gồm việc rèn luyện cho các Ninja khả năng sử dụng thông thạo các môn võ, các loại vũ khí (bao gồm cả ám khí, hơi độc, hoả khí...) các phương pháp di chuyển, đột nhập và đào thoát trong mọi điều kiện, cũng như cách ngụy trang, ẩn thân, thậm chí giả chết nhằm mục đích tối thượng là hoàn thành tốt đẹp sứ mạng đã nhận lãnh.
Việc Ninja có thể sống dưới nước như loài cá mà dân gian vẫn thường truyền tụng, thực chất là các Ninja đã sử dụng các ống sậy rỗng hoặc bao kiếm làm ống thở, và như thế tha hồ ở dưới nước bao lâu cũng được.
Thêm nữa, các Ninja có thể mang theo một túi da chứa đầy không khí để thở khi phải ở dưới nước một thời gian.
Các Ninja cũng được biết đến với khả năng đi trên mặt nước. Theo lý giải, họ đã sử dụng được loại giày da bơm đầy khí. Tuy nhiên, để sử dụng được loại giày này, họ phải khổ công tập luyện nhiều năm mới đạt được sự thăng bằng và sự kiểm soát thân thể để có thể đứng vững trên mặt nước.
Ninja cũng sử dụng một số dụng cụ giúp họ vào nhà, vào thành một cách dễ dàng. Họ mang những đôi giày xốp nên có thể bám vào tường hay vách đá mà leo lên. Một dụng cụ khác nổi tiếng của Ninjitsu là một miếng da cuốn quanh lòng bàn tay và vòng qua cổ tay, có gắn sẵn 4 mũi nhọn lồi ra phía lòng bàn tay.
Những mũi nhọn này có thể dùng để bám vào tường, vào xà nhà trên trần và chuyền tay đi qua một căn phòng mà chân không hề chạm đất. Miếng da này còn là một khí giới lợi hại khi đối mặt với kẻ thù. Một cú đâm thẳng bằng dao hay bằng gươm có thể dùng một tay để đỡ, tay kia đánh cả 4 mũi nhọn vào mặt kẻ thù.
Dù hiện đang có một tổ chức võ thuật quốc tế tiêu biểu cho một số phong cách hiện đại của ninjutsu nhưng dòng lịch sử của những phong cách này hiện vẫn đang gây tranh cãi.
Một số trường phái tự nhận là hậu duệ chính thống của môn võ thuật này, nhưng ninjutsu không bị tập trung hóa giống các môn võ thuật hiện đại khác như judo hay karate. Togakure-ei được cho là loại hình lâu đời nhất được ghi chép lại, và đã tồn tại được qua thế kỷ 16.