Đội đặc nhiệm Alpha đã trải qua sự kiện Liên Xô tan rã và hiện nay hoạt động dưới sự chỉ đạo của Tổng cục An ninh Liên bang Nga (FSB) mà tiền thân là KGB.
KGB đã thành lập đội đặc nhiệm Alpha vào năm 1974. Tuy nhiên, đội đặc nhiệm Alpha không chỉ tập trung vào mỗi nhiễm vụ chống khủng bố.
Theo tờ National Interest (Mỹ), khi Liên Xô đưa quân đội đến Afghanistan năm 1979, đội đặc nhiệm Alpha và đội đặc nhiệm Zenith đã đảm nhận nhiệm vụ bảo vệ Đại sứ quán Nga.
Trong thập niên 80 của thế kỷ trước, đội đặc nhiệm Alpha tiếp tục đảm nhận vai trò chống khủng bố trong nước và phản gián, thường tập trung vào điệp viên của Cơ quan Tình báo Trung ương Mỹ (CIA).
Năm 1983, đội đặc nhiệm Alpha đã đối đầu với những tên cướp máy bay của hãng hàng không Aeroflot số hiệu 6833 tại Tbilisi, Gruzia. Đội đặc nhiệm Alpha khi đó tiêu diệt 3 tên cướp máy bay và bắt giữ được toàn bộ những kẻ còn lại, tuy nhiên, có 5 con tin thiệt mạng.
Vụ việc bắt giữ con tin năm 1985 tại Lebanon mới thực sự khiến thế giới chú ý đến đội đặc nhiệm Alpha trong vai trò chống khủng bố.
Ngày 20/9/1985, Tổ chức Giải phóng Hồi giáo thuộc Hezbollah đã bắt cóc 4 nhà ngoại giao Nga ở Beirut. Ban đầu, Moskva chủ trương mở kênh liên lạc để đàm phán thả con tin. Nhưng sau đó, những kẻ bắt cóc đã sát hại một nhà ngoại giao Nga.
Khi này, Moskva triệu tập đội đặc nhiệm Alpha. Những nhà ngoại giao còn lại được thả vài tuần sau đó. Đây là điều bất ngờ đối với báo giới bởi ở thời điểm đó các con tin tại Lebanon thường bị giam giữ trong nhiều tháng hoặc thậm chí nhiều năm rồi mới được trao trả.
Trong những năm gần đây, đơn vị chống khủng bố đã tham gia giải quyết vụ bắt cóc con tin tại Nam Ossetia vào năm 2004.