TP.HCM có 43 bến cảng, chiếm gần 15% tổng số bến cảng ở Việt Nam. Đây là những cửa ngõ giao thương hàng hóa quan trọng, động lực phát triển kinh tế biển của thành phố nói riêng và cả nước nói chung. Vì thế, việc kết nối trung tâm thành phố, các khu công nghiệp với cảng biển trở thành vấn đề thiết yếu.
Hiện các bến cảng ở TP.HCM được chia làm 4 khu chính: Khu bến cảng trên sông Đồng Nai (cụm cảng Cát Lái), khu bến cảng trên sông Sài Gòn, khu bến cảng trên sông Nhà Bè, khu bến cảng trên sông Soài Rạp (Hiệp Phước). Trong đó, cụm cảng Hiệp Phước ở phía đông nam thành phố là nơi hội tụ 4 cảng lớn nằm dọc theo sông Soài Rạp: Cảng container quốc tế SPTC, cảng Sài Gòn - Hiệp Phước, Tân Cảng Hiệp Phước, cảng quốc tế Long An.
Tuy vậy, hiện chỉ có một tuyến đường kết nối vào cảng Hiệp Phước. Nếu hàng hóa đi theo hướng từ phía tây sẽ phải xuyên qua nội đô vì hệ thống đường vành đai chưa khép kín. Còn từ miền Tây thì sẽ đi trên đại lộ Nguyễn Văn Linh. Đây là đại lộ được đầu tư 100 triệu USD và đưa vào hoạt động từ năm 2000. Song, vài năm gần đây, khu vực này thường xảy ra ùn ứ vào giờ cao điểm, đặc biệt đoạn giao với khu chế xuất Tân Thuận.
Để giải quyết tình trạng trên, dự án mở rộng đại lộ Nguyễn Văn Linh đoạn từ đường Huỳnh Tấn Phát đến Nguyễn Thị Thập, dài hơn 2 km đã hoàn thành vào tháng 6/2022. Nhờ việc tăng từ 6 lên 10 làn xe, các điểm đen ùn tắc, từng gây ám ảnh với người dân dần biến mất.
Ngoài ra, công trình nút giao thông đường Nguyễn Văn Linh - Nguyễn Hữu Thọ với tổng mức đầu tư 830 tỷ đồng đang được thi công từ tháng 4/2020. Dự án xây dựng mới 2 hầm chui trên đường Nguyễn Văn Linh với tổng chiều dài mỗi nhánh hầm 456 m, mặt cắt ngang đảm bảo 3 làn xe. Sau khi đưa vào khai thác, công trình sẽ tạo tiền đề hình thành, phát triển cảng Hiệp Phước lẫn khu đô thị Nam TP.HCM.
Ở phía đông TP. HCM, cảng Tân Cảng - Cát Lái (đường Nguyễn Thị Định, thành phố Thủ Đức) là cảng container quốc tế lớn và hiện đại nhất Việt Nam. Cảng chiếm 25% thị phần vận tải biển nội địa, 50% thị phần container xuất nhập khẩu cả nước và 92% thị phần khu vực TP. HCM. Cảng có 5 cổng giao nhận hàng, khoảng 19.000 - 20.000 phương tiện lưu thông mỗi ngày qua các tuyến chính là Đồng Văn Cống, Nguyễn Thị Định, Võ Chí Công, Nguyễn Duy Trinh.
Đường Nguyễn Duy Trinh, đoạn từ vòng xoay Phú Hữu dẫn vào cảng Phú Hữu (khu bến C của cảng Cát Lái mở rộng) được gọi là “con đường tử thần” vì thường xuyên xảy ra tai nạn. Tuyến đường dài 1,6 km, rộng 7 m và không có dải phân cách. Vì vậy, container, xe ô tô, xe máy lưu thông bất tiện, xảy ra xung đột vì lấn làn, phóng nhanh, vượt ẩu.
Vào giờ cao điểm, container, xe tải lớn, ô tô nối đuôi nhau dài vài km ở nút giao An Phú (TP Thủ Đức) để vào cảng Cát Lái thông qua đường Đồng Văn Cống. Trước vấn đề trên, Sở Giao thông - Vận tải TP. HCM cũng đã lập dự án nâng cấp đường Nguyễn Thị Định, xây dựng nút giao Mỹ Thuỷ, An Phú, mở rộng đường Nguyễn Duy Trinh,… nhằm giải quyết tình trạng giao thông quanh khu vực cảng Cát Lái.
Trong đó, dự án xây dựng nút giao thông An Phú là công trình trọng điểm, được kỳ vọng sẽ đảm bảo giao thông thông suốt tại khu vực cửa ngõ phía Đông cũng như cảng Cát Lái. Nút giao có tổng mức đầu tư 3.408 tỷ đồng, gồm 3 tầng: hầm chui 2 chiều nối cao tốc TP.HCM - Long Thành - Dầu Giây với đường Mai Chí Thọ (phía hầm Thủ Thiêm), kéo dài qua nút giao Mai Chí Thọ - Đồng Văn Cống; các đảo, tiểu đảo trên mặt đất; hai cầu vượt trên cao.
Bên cạnh đó, khi đoạn 1 của Vành đai 2, từ cầu Phú Hữu (đường Võ Chí Công) đến Xa lộ Hà Nội, được khép kín sẽ tăng khả năng kết nối cảng Cát Lái với các trung tâm sản xuất ở phía đông như Khu công nghệ cao P Thủ Đức và hai tỉnh Bình Dương, Đồng Nai. Đoạn này có chiều dài 3,8 km. Tổng mức đầu tư dự kiến gần 8.600 tỷ đồng.
Ngoài ra, Sở GTVT TP. HCM đã đề xuất xây dựng đường liên cảng Phú Hữu - Cát Lái - Vành đai 3 với tổng mức đầu tư là 8.000 tỷ. Theo đó, tuyến đường dự kiến có chiều dài khoảng 6 km, rộng 60 m với 12 làn xe, vận tốc cho phép đạt 60 km/h. Khi hình thành, tuyến đường sẽ góp phần chia sẻ lưu lượng, giảm thiểu nguy cơ ùn tắc giao thông, kết hợp điều chỉnh quy hoạch đô thị, sử dụng đất quanh cụm cảng Cát Lái - Phú Hữu.
Ngoài ra, TP. HCM kỳ vọng là cực kinh tế biển lớn nhất Việt Nam qua chuỗi đô thị Cần Giờ. Trong đó, cảng trung chuyển quốc tế Cần Giờ là hạng mục quan trọng, có mức đầu tư dự kiến 5,4 tỷ USD, tổng chiều dài mặt sông là 7,2 km, tiếp nhận tàu container trọng tải lớn nhất thế giới hiện nay (24.000 container, mỗi container dài 6 m). Không chỉ tạo bước phát triển cho thành phố lẫn khu vực Đông Nam Bộ, đây còn là cửa ngõ giao thương quốc tế sang châu Á, Âu và Mỹ.
Bên cạnh đó, cầu Bình Khánh đang được xây dựng. Cầu bắc ngang qua sông Soài Rạp với tổng mức đầu tư hơn 2.800 tỷ đồng, thuộc dự án cao tốc Bến Lức - Long Thành (băng qua huyện Cần Giờ), có tĩnh không thông thuyền cao nhất Việt Nam (55 m). Sau khi hoàn thành, đây sẽ là luồng hàng hải cho tàu biển 30.000 – 50.000 tấn lưu thông về TP. HCM.