Sau khi rùa Hồ Gươm qua đời, xác rùa được đưa vào Đền Ngọc Sơn rồi chuyển về bảo quản tại Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam.
Theo TS Nguyễn Quang Tề (nguyên Viện trưởng Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản 1, Trưởng nhóm cứu chữa cá thể rùa Hoàn Kiếm ở Hồ Gươm năm 2011), cá thể rùa ở Hồ Gươm (người dân quen gọi là "cụ rùa") đã sống đến vài trăm tuổi, thuộc nhóm thọ nhất thế giới.
"Trong lần cứu chữa năm 2011, chúng tôi chưa xác định chính xác tuổi của cụ rùa. Tuy nhiên, ước tính cụ rùa đã vài trăm tuổi.
Cụ rùa cũng đạt đến kích thước tối đa với chiều dài 2,08 mét, rộng 1,08 mét, nặng 169kg. TS Tề cho biết thêm, cá thể rùa sống lâu nhất trên thế giới được ghi nhận là 180 năm.
"Vì thế, "cụ rùa" hồ Hoàn Kiếm thuộc loài sống lâu nhất thế giới", TS Tề cho hay.
Theo PGS.TS Hà Đình Đức, người có nhiều năm nghiên cứu về rùa Hoàn Kiếm, xác cụ rùa đang được bảo quản tại phòng lạnh của Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam để chờ xử lý, có thể làm tiêu bản lưu giữ.
Ông Đức cũng khẳng định, việc làm tiêu bản rùa Hồ Gươm để lưu giữ hoàn toàn khả thi và việc này nếu được sẽ do các chuyên gia thực hiện giống với tiêu bản đang có trong đền Ngọc Sơn.
Cụ thể, các nhà khoa học sẽ lấy hết phần nội tạng của rùa ra, tiêm chất chống thối vào những chỗ không lấy được cơ ra. Sau đó thì sấy, rồi cho thuốc chống mốc vào...
Trước đề nghị đưa rùa Đồng Mô về Hồ Gươm thay cho "cụ rùa" đã chết của một chuyên gia, PGS.TS Đức đã bày tỏ sự không đồng tình với ý kiến này.
Ông nêu quan điểm, thực tế, về hình thái, rùa Đồng Mô và rùa Hồ Gươm khác nhau rất nhiều. Chưa kể, môi trường ở Đồng Mô cũng khác và sạch hơn so với môi trường hiện tại của hồ Hoàn Kiếm.
"Theo tôi, nên tìm một "cụ rùa" nào gần gần với "cụ rùa" Hồ Gươm thì có thể chấp nhận được còn đưa rùa Đồng Mô vào thì nó không giống với rùa ở đây. Cho nên đưa vào nó không hay.
Còn cụ thể thế nào sẽ phải do cơ quan quản lý Nhà nước, hội đồng khoa học quyết định", ông Đức nói.
Rùa Hoàn Kiếm (còn có tên là giải Swinhoe, Rafetus swinhoei) được mô tả lần đầu tiên từ năm 1873, nhưng thực tế có rất ít nghiên cứu về loài rùa mai mềm khổng lồ này.
Năm 2011, Quỹ bảo tồn rùa (TCF) xếp rùa Hoàn Kiếm là một trong 25 loài rùa bị đe dọa cao nhất thế giới.
Tổ chức bảo tồn thiên nhiên quốc tế IUCN xếp loài này vào mức cực kỳ nguy cấp (CR) năm 2010.
Theo các nhà khoa học, loài rùa Hồ Gươm chỉ còn 4 cá thể, gồm một con sống ở Hồ Hoàn Kiếm (Hà Nội), một ở Đồng Mô và hai con còn lại ở Trung Quốc.
Năm 2011, Hà Nội đã đưa cụ rùa lên khám bệnh và chữa trị trong hơn ba tháng, sau đó thả về tự nhiên cùng rất nhiều thức ăn dự trữ là cá.
Giới chức Hà Nội và các nhà khoa học khám định kỳ cho "cụ rùa".
Lần nổi lên gần đây nhất của cụ rùa Hồ Gươm là vào trưa 21/12/2015. Khi đó, "cụ rùa" nổi lên ở gần khu vực đối diện đường Lê Thái Tổ (Hoàn Kiếm - Hà Nội).