Theo quyết định của tổng cục trưởng Tổng cục Thủy sản, Chi cục kiểm ngư vùng 2 có ba trạm kiểm ngư, gồm hai trạm đặt ở đảo Đá Tây và Song Tử Tây của huyện đảo Trường Sa (Khánh Hòa) và một trạm đặt tại TP Đà Nẵng.
Chi cục có các chức năng, nhiệm vụ chính là thực hiện việc tuần tra, kiểm tra, kiểm soát, phát hiện, xử lý vi phạm pháp luật và thanh tra chuyên ngành thủy sản trên vùng biển từ Đà Nẵng đến Ninh Thuận; tham gia công tác phòng chống thiên tai và tìm kiếm, cứu hộ cứu nạn, khắc phục sự cố trên biển, bảo vệ tài sản nhà nước, tính mạng, tài sản của người và tàu cá hoạt động đánh bắt hải sản; tham gia bảo vệ chủ quyền, quyền chủ quyền và quyền tài phán quốc gia trên các vùng biển được phân công...
