Theo đề án, sau hơn 25 năm đổi mới và hội nhập quốc tế, quá trình đô thị hóa ở Việt Nam đã và đang diễn ra nhanh chóng dẫn đến có nhiều khác biệt về hoạt động kinh tế, văn hóa, xã hội, an ninh, quốc phòng giữa đô thị và nông thôn.
Tuy nhiên, mô hình tổ chức chính quyền địa phương ở Việt Nam hiện nay về cơ bản giống nhau, đều tổ chức 3 cấp (tỉnh, huyện, xã) và vẫn dựa trên cách thức quản lý của chính quyền nông thôn.
Chính quyền ở địa bàn đô thị cũng tổ chức cấp hành chính và thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn như chính quyền nông thôn cùng cấp, đồng thời có thêm một số nhiệm vụ, quyền hạn quản lý trên địa bàn đô thị dẫn đến nhiều vấn đề cấp thiết của đô thị chưa được giải quyết kịp thời và cũng chưa phù hợp với nguyên tắc kết hợp quản lý theo ngành và quản lý theo lãnh thổ. Trong đó, đô thị do kết cấu hạ tầng thống nhất đòi hỏi phải quản lý theo ngành là chủ yếu, khác với nông thôn quản lý theo lãnh thổ là chủ yếu.
Đề án nhằm đề xuất mô hình tổ chức chính quyền đô thị phù hợp với đặc điểm, tính chất của từng loại hình đô thị, đáp ứng yêu cầu, tốc độ phát triển của các đô thị Việt Nam.
Sản phẩm của đề án này cùng với kết quả thực hiện thí điểm không tổ chức HĐND huyện, quận, phường là cơ sở đề xuất sửa đổi, bổ sung các quy định của Hiến pháp năm 1992 và các luật có liên quan về chính quyền địa phương.
Căn cứ đánh giá hiện trạng tổ chức chính quyền địa phương và các yếu tố phân biệt sự khác nhau giữa đô thị và nông thôn, đề án đề xuất 3 phương án. Phương án một, không tổ chức HĐND huyện, quận, phường trong cả nước, đồng thời để khắc phục những hạn chế trong việc thí điểm hiện nay, đề án đưa ra đề xuất mới là ở huyện, quận, phường cũng không tổ chức Ủy ban hành chính (UBND hiện nay) mà chỉ đặt cơ quan đại diện hành chính của cơ quan hành chính cấp trên tại địa bàn huyện, quận, phường.
Theo phương án này, khu nội thành, nội thị chỉ có một cấp chính quyền (HĐND và Ủy ban Hành chính), không tổ chức cấp chính quyền ở các đơn vị hành chính trực thuộc (quận, phường). Khu vực ngoại thành, ngoại thị chỉ tổ chức cấp chính quyền ở xã, thị trấn, không tổ chức cấp chính quyền ở huyện.
Các đơn vị hành chính quận, huyện, phường không tổ chức cấp chính quyền (không có HĐND và Ủy ban Hành chính) mà sẽ có Ban đại diện hành chính của thành phố tại địa bàn quận, huyện và Ban đại diện hành chính quận tại địa bàn phường thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn theo phân cấp và ủy quyền của cơ quan hành chính cấp trên tại địa bàn.
Phương án hai thực hiện không tổ chức HĐND ở tất cả các đơn vị hành chính trực thuộc đô thị (mở rộng phạm vi so với phương án 1). Theo phương án 2, mỗi đô thị chỉ tổ chức một cấp chính quyền (có HĐND và Ủy ban Hành chính), không tổ chức cấp chính quyền ở tất cả các đơn vị hành chính trực thuộc kể cả ở nội thành, nội thị và ngoại thành, ngoại thị.
Theo đó, chỉ tổ chức cấp chính quyền (có HĐND và Ủy ban Hành chính) ở thành phố trực thuộc Trung ương, thành phố thuộc tỉnh và thị xã thuộc tỉnh.
Các đơn vị hành chính quận, huyện, xã, phường, thị trấn trong thành phố trực thuộc Trung ương và xã, phường thuộc thành phố, thị xã thuộc tỉnh không tổ chức cấp chính quyền (không có HĐND và Ủy ban Hành chính), chỉ đặt Ban đại diện hành chính thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn theo phân cấp và ủy quyền của cơ quan hành chính cấp trên tại địa bàn.
Phương án 3 tổ chức chính quyền đô thị có tòa thị chính, thị trưởng, quận trưởng, huyện trưởng, trưởng phường, trưởng thị trấn; thiết lập cơ quan hành chính đô thị ở địa bàn thành phố trực thuộc Trung ương và thành phố, thị xã thuộc tỉnh là Tòa Thị chính, đứng đầu Tòa Thị chính là Thị trưởng.
Các quận, huyện, phường trong thành phố trực thuộc Trung ương và phường thuộc thành phố, thị xã thuộc tỉnh không tổ chức HĐND và Ủy ban Hành chính mà chỉ đặt cơ quan đại diện hành chính thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn theo phân cấp và ủy quyền của cơ quan hành chính cấp trên tại địa bàn.
Người đứng đầu Ban đại diện hành chính quận, huyện, phường là quận trưởng, huyện trưởng và trưởng phường. Đối với xã, thị trấn vẫn tổ chức HĐND và Ủy ban Hành chính, người đứng đầu Ủy ban Hành chính xã là xã trưởng, người đứng đầu Ủy ban Hành chính thị trấn là trưởng thị trấn.
Đề án mô hình tổ chức chính quyền đô thị được Chính phủ cho ý kiến để tiếp tục hoàn chỉnh.
