Ông Sỹ bị kỷ luật do có sai sót về chuyên môn và xử lý chưa đúng thẩm quyền trong công tác thanh tra hoạt động của bến xe khách TP. Cần Thơ thuộc Công ty cổ phần bến xe tàu phà Cần Thơ.
Trước đó, Hiệp hội Vận tải ôtô Việt Nam (VATA) đã nhiều lần có văn bản gửi Bộ trưởng Bộ GTVT xem xét lại kết luận thanh tra về hoạt động của bến xe khách TP. Cần Thơ.
Đồng thời đề nghị Bộ GTVT kiểm điểm trách nhiệm và có hình thức xử lý kỷ luật ông Thạch Như Sỹ, phó chánh thanh tra bộ, trưởng đoàn thanh tra, do tham mưu kết luận thanh tra không đúng pháp luật, thái độ công vụ không đúng mức, phát ngôn không đúng thẩm quyền với báo chí.
Trước các kiến nghị trên, Bộ GTVT đã sửa đổi, bổ sung một số nội dung kết luận thanh tra hoạt động của bến xe khách TP. Cần Thơ.
Đồng thời Bộ trưởng Bộ GTVT lập hội đồng kỷ luật để tư vấn về việc áp dụng hình thức kỷ luật đối với ông Thạch Như Sỹ.