Theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, về dự toán: tổng thầu tự quyết định và chịu trách nhiệm việc áp dụng định mức, đơn giá; triển khai theo hình thức giá hợp đồng trọn gói bảo đảm không vượt giá hợp đồng trọn gói đã được ký kết và không vượt tổng mức đầu tư điều chỉnh đã được phê duyệt.
Về quản lý chất lượng, Thủ tướng Chính phủ yêu cầu thực hiện theo quy định của Luật Xây dựng và Nghị định số 46/2015/NĐ-CP ngày 12/5/2015 của Chính phủ về quản lý chất lượng và bảo trì công trình xây dựng.
Về lựa chọn nhà thầu nước ngoài thực hiện gói thầu tư vấn đánh giá an toàn hệ thống trước khi đưa dự án vào khai thác, sử dụng, Thủ tướng Chính phủ đồng ý về nguyên tắc áp dụng hình thức lựa chọn nhà thầu theo quy định tại Điều 26 Luật Đấu thầu, bảo đảm lựa chọn nhà thầu có đủ năng lực, kinh nghiệm và đáp ứng các yêu cầu của gói thầu.
Về việc ký phụ lục hợp đồng EPC, Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Giao thông vận tải tự chịu trách nhiệm đối với những nội dung đã thực hiện; đồng thời, tiếp thu ý kiến của Bộ Xây dựng, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, chỉ đạo việc đàm phán và ký kết phụ lục hợp đồng EPC theo hình thức hợp đồng trọn gói, bảo đảm không để xảy ra tiêu cực, thất thoát, phát sinh chi phí và không vượt tổng mức đầu tư điều chỉnh đã được phê duyệt.
Đối với việc mua sắm thiết bị, Thủ tướng Chính phủ đồng ý về nguyên tắc giá trọn gói mua sắm thiết bị giảm tối thiểu 5% so với dự toán phần thiết bị.
Giao Bộ Giao thông vận tải tiếp tục rà soát, đàm phán với tổng thầu và chịu trách nhiệm toàn diện về giá trọn gói mua sắm thiết bị, bảo đảm chặt chẽ, đạt hiệu quả tối ưu, không để xảy ra tiêu cực, thất thoát.
Về chi phí đào tạo và mua sắm đoàn tàu, Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Giao thông vận tải quyết định và chịu trách nhiệm toàn diện, bảo đảm tiết kiệm, hiệu quả.
Về nguồn vốn vay bổ sung và giải ngân của dự án: Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính khẩn trương làm việc với phía Trung Quốc để sớm ký kết Hiệp định vay vốn ưu đãi bổ sung cho dự án.
Trong thời gian chờ đợi, đồng ý về nguyên tắc Bộ Giao thông vận tải sử dụng số tiền còn lại từ Hiệp định tín dụng ưu đãi bên mua để giải ngân theo hợp đồng và phụ lục hợp đồng đã ký kết (khối lượng và tạm ứng bổ sung).
Bộ Giao thông vận tải thống nhất với Bộ Tài chính trước khi thực hiện giải ngân.
Thủ tướng Chính phủ yêu cầu Bộ Giao thông vận tải đánh giá lại việc chuẩn bị, thực hiện dự án cho tới nay để nghiêm túc rút kinh nghiệm trong việc triển khai tiếp theo của dự án và các dự án khác sau này thực hiện theo hình thức hợp đồng EPC nhằm quản lý dự án chặt chẽ, hiệu quả, bảo đảm chất lượng và tiến độ xây dựng công trình, tuyệt đối an toàn cho công trình và cộng đồng.