Một trong những vấn đề gây tranh cãi lớn nằm trong thỏa thuận này là phạm vi hoạt động của máy bay không người lái Mỹ tại Philippines.
Theo Chuẩn tướng Domingo Tutaan, Jr. - người phát ngôn Lực lượng vũ trang Philippines (AFP), máy bay không người lái của Mỹ sẽ bị cấm triển khai tại nước này nếu như nằm trong các chiến dịch thực chiến. Tuy nhiên, sự đảm bảo này của Manila hiện không thuyết phục được liên minh cánh tả đối lập.
Tổ chức Phong trào Bagong Alyansang Makabayan cho biết đề xuất này có lẽ là "tồi tệ" hơn so với hiệp ước về các căn cứ quân sự của Mỹ buộc phải đóng cửa ở Philippines vào năm l991.
Philippines có thể trở thành "bệ phóng cho các cuộc không kích bằng máy bay không người lái của Mỹ, đi ngược lại lợi ích của đất nước". Renato Reyes, Tổng Thư ký phong trào Bagong Alyansang Makabayan, nói rằng nếu thỏa thuận mới này được ký "sẽ cho phép quân đội Mỹ hiện diện trên khắp đất nước, tất cả các căn cứ quân sự của Philippines - không chỉ Subic và Clark – sẽ bị quân đội Mỹ tiếp cận. Điều này có nghĩa là biến toàn bộ đất nước thành một căn cứ quân sự lớn của Mỹ".
Bên cạnh đó, Thị trưởng Rodrigo Duterte của thành phố Davao, miền nam Philippines tiết lộ rằng, ông đã từ chối yêu cầu của quân đội Mỹ cho phép sử dụng sân bay cũ tại thành phố làm cơ sở hoạt động cho máy bay không người lái Mỹ trong chiến dịch chống khủng bố và nổi dậy.
"Chính phủ Mỹ muốn sử dụng các sân bay cũ. Tôi đã từ chối. Tôi sẽ không cho phép họ sử dụng sân bay của chúng tôi cho họ để triển khai các máy bay Mỹ. Tôi không muốn rắc rối và giết người", ông Duterte nói.
Quan chức này cho biết ông đã nói với chính phủ Hoa Kỳ sẽ có đổ máu nhiều hơn nếu có nhà khai thác máy bay không người lái trong thành phố. Trong khi đó, Ngoại trưởng Albert Del Rosario lại cho rằng, tăng cường "sự hiện diện luân phiên" của quân đội Mỹ tại Philippines sẽ đảm bảo "an ninh của người dân và sự toàn vẹn lãnh thổ của đất nước cũng như chủ quyền trên biển Đông".
Theo ông Del Rosario, ngoài vấn đề cần xem xét về an ninh, sự hiện diện quân sự lớn hơn của Mỹ sẽ "cải thiện rất nhiều" khả năng của Philippines nhằm kịp thời đáp ứng về việc hỗ trợ nhân đạo và cứu trợ thiên tai. Ông Del Rosario cũng đã đưa ra sự đảm bảo rằng thỏa thuận này sẽ không vi phạm Hiến pháp Philippines, ví dụ như không cho phép sự hiện diện của vũ khí hạt nhân (một số tàu chiến của Mỹ có mang tên lửa hạt nhân).
"Đoàn đàm phán của Philippines đã đưa ra một loạt các quy tắc trong đó đòi hỏi phía Mỹ phải đảm bảo tôn trọng đầy đủ Hiến pháp và pháp luật của Philippines”, ông Del Rosario nói. Theo Điều 18, Khoản 25 Hiến pháp Philippines, “các căn cứ quân sự, quân đội và cơ sở nước ngoài không được phép thiết lập tại Philippines trừ phi nằm trong một hiệp ước đã được Thượng viện thông qua và, khi Quốc hội yêu cầu, phải được đa số nhân dân thông qua dưới hình thức trưng cầu dân ý, và được Thượng viện của nước đối tác thừa nhận là một hiệp ước”.
Hiện nay Philippines và Mỹ đang thảo luận về một hiệp ước hiện diện quân sự luân phiên và quá trình đàm phán về thỏa thuận khung sẽ kéo dài qua bốn vòng. Tuy nhiên, hãng tin GMA đã dẫn lời giáo sư chính trị học Rommel Banlao của Đại học Ateneo de Manila bày tỏ quan ngại về những rủi ro an ninh của thỏa thuận này, khi cho rằng nó có thể trở thành điểm thu hút các nhân tố chống Mỹ và thúc đẩy tâm lý chống Mỹ tại Philippines.
Ông Banlaoi nói: “Mỹ là mục tiêu chính của các nhóm khủng bố như al-Qaeda. Nếu Mỹ hiện diện ở Philippines, các nhóm chống Mỹ có thể cũng sẽ đến hoạt động tại đây”.
