Theo kết luận điều tra, vào cuối năm 2020, ông Vũ Hồng Nam (nguyên Đại sứ Việt Nam tại Nhật Bản) đã liên hệ với ông Đình Việt (Giám đốc Sở Ngoại vụ tỉnh Thái Nguyên) để hỗ trợ đưa công dân Việt Nam từ Nhật Bản về nước cách ly tại Thái Nguyên. Qua ông Việt, ông Nam đã trao đổi với Trần Tùng , cựu Phó giám đốc Sở Ngoại vụ tỉnh Thái Nguyên .
Đầu tháng 3/2021, ông Tùng đã thông báo cho ông Nam rằng đã có địa điểm cách ly và yêu cầu ông gửi công điện đến UBND tỉnh Thái Nguyên . Ông Nam đã giới thiệu Lê Văn Nghĩa (Giám đốc Công ty Cổ phần Du lịch và Dịch vụ ăn uống Nhật Minh) để liên hệ với ông Tùng. Tại một cuộc gặp, ông Tùng yêu cầu Nghĩa phải có văn bản gửi UBND tỉnh Thái Nguyên để xin chủ trương cách ly, trong khi ông sẽ lo thủ tục.
Ông Tùng yêu cầu Nghĩa cho Công ty Sen vàng Đất Việt thực hiện việc cách ly với chi phí trọn gói 18 triệu đồng mỗi khách, mặc dù hợp đồng chỉ ghi rõ từ 10 đến 12 triệu đồng. Khoản chênh lệch từ 6 đến 8 triệu đồng sẽ được chuyển cho Quyên để giao lại cho Tùng. Mặc dù ông Nghĩa đề nghị giảm giá nhưng ông Tùng không đồng ý.
Sau khi thỏa thuận, Công ty Nhật Minh đã tổ chức ba chuyến bay (9/4, 04/5 và 28/9/2021), đưa 668 người về cách ly tại Thái Nguyên. Ông Nghĩa đã chuyển hơn 11 tỷ đồng cho Quyên, trong đó có hơn 4,4 tỷ đồng vào tài khoản của em trai Quyên. Sau đó, Quyên đã chuyển cho ông Tùng hơn 2,4 tỷ đồng.
Cơ quan điều tra xác định, ông Tùng đã nhận hối lộ hơn 4,4 tỷ đồng qua Quyên. Còn Quyên đã thực hiện các thỏa thuận nhận hối lộ giúp ông Tùng, hưởng lợi cá nhân 300 triệu đồng.
Nhận 3,2 tỷ đồng từ 10 chuyến bay đưa công dân về nước
Ngoài ra, ông Tùng còn bị cáo buộc lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ. Sau chuyến bay ngày 28/9/2021, ông Vũ Hồng Nam đã cho ông Tùng tự đề cử công ty thực hiện. Ông Tùng đã chọn Công ty Fujitravel do bà Bùi Thị Kim Phụng làm đại diện để phối hợp thực hiện. Ông Tùng đã hướng dẫn bà Phụng sử dụng Công văn số 3065 ngày 2/7/2021 của UBND tỉnh Thái Nguyên để xin phép thực hiện hai chuyến bay vào ngày 09/11/2021 và 20/11/2021.
Đại sứ quán Việt Nam tại Nhật Bản đã đề nghị UBND tỉnh Thái Nguyên tiếp nhận 2.300 công dân về nước trên 10 chuyến bay cách ly tự trả phí. Ông Tùng đã yêu cầu Quyên giám sát, thanh toán dịch vụ cho công dân về trên ba chuyến bay.
Theo cơ quan điều tra, ông Tùng đã nhận 1,4 tỷ đồng từ bà Phụng và hơn 1,6 tỷ đồng từ Quyên, tổng cộng ông Tùng hưởng lợi hơn 3,2 tỷ đồng từ dịch vụ cách ly.
Trong quá trình điều tra, ông Tùng đã khai báo thành khẩn, tích cực hợp tác với cơ quan điều tra và tự nguyện nộp 700 triệu đồng khắc phục hậu quả.
Vụ án này được tách ra từ vụ án chuyến bay giải cứu, đã được xét xử sơ thẩm và phúc thẩm với 54 bị cáo ở giai đoạn 1. Trong giai đoạn 2, ông Trần Tùng, cựu Phó giám đốc Sở Ngoại vụ tỉnh Thái Nguyên, bị đề nghị truy tố về tội “Nhận hối lộ và Lợi dụng chức vụ, quyền hạn”. Bà Trần Thị Quyên (Giám đốc Công ty Sen vàng Đất Việt) cũng bị đề nghị truy tố về tội “Nhận hối lộ”.