Theo đó, VNR đề xuất sán sáp nhập Công ty cổ phần Vận tải đường sắt Sài Gòn và Hà Nội vào làm 1, với 3 phương án khác nhau. Trong đó, VNR lựa chọn phương án hợp nhất hai công ty trên thành Công ty cổ phần Vận tải đường sắt.
Sau khi hợp nhất, công ty mới thực hiện việc phân chia, bóc tách về tổ chức, lao động, vốn, tài sản để thành lập công ty con chuyên kinh doanh vận tải hàng hóa.
Với mô hình này, chức năng vận tải hành khách sẽ do Công ty cổ phần Vận tải đường sắt đảm nhận, còn vận tải hàng hóa do các công ty con trực thuộc đảm nhận.
Mục tiêu của việc hợp nhất 2 công ty, theo VNR, nhằm tăng cường tính chuyên môn hóa, tách bạch vận tải hàng hóa và hành khách. Qua đó thu hút các thành phần kinh tế khác tham gia, để khai thác nguồn lực xã hội về tài chính, công nghệ, thị trường và đặc biệt là quản trị.
Bên cạnh đó, việc hợp nhất sẽ hạn chế tối đa cạnh tranh nội bộ, tập hợp nguồn lực để nâng cao năng lực cạnh tranh với các phương thức vận tải khác, hạ giá thành vận tải, tăng năng suất lao động...
VNR tính toán, nếu được đồng ý, viêc sáp nhập chỉ kéo dài trong khoảng 110 - 120 ngày (khoảng 4 tháng).
VNR cũng khẳng định, việc sáp nhập ít gây xáo trộn về tổ chức và nhân lực (do sư dụng bộ máy và lao động hiện có), tiết kiệm chi phí do không phải thực hiện đánh giá lại các tài sản, không phải tổ chức đấu giá…
VNR cũng đề xuất thành lập Trung tâm Khoa học công nghệ và dịch vụ, là đơn vị trực thuộc Tổng công ty. Trung tâm này có nhiệm vụ ứng dụng công nghệ thông tin vào các hoạt động sản xuất, kinh doanh, quản lý, theo dõi và điều hành vận tải đường sắt của VNR; đổi mới quản trị doanh nghiệp.
Đồng thời, Trung tâm sẽ tổ chức quản lý tập trung toàn bộ nguồn lực đất đai có khả năng khai thác thương mại nhằm khai thác tối đa lợi thế thương mại của quỹ đất.
Như vậy, sau gần 20 năm chia tách để cạnh tranh phát triển, 2 công ty vận tải đường sắt lớn nhất nước lại được đề xuất nhập về làm một.
Trước đó, thực hiện chủ trương cơ cấu lại VNR, từ tháng 7/2003, VNR đã quyết định chi tách và thành lập 4 đơn vị chính thuộc Tổng công ty, trong đó có Công ty Vận tại Hành khách Đường sắt Sài Gòn và Hà Nội, sau đó chuyển sang công ty cổ phần và hoạt động tới nay.