Việc khởi tố ông Chung là diễn biến mới nhất trong quá trình mở rộng điều tra vụ án buôn lậu và vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, mua bán trái phép hoá đơn xảy ra tại Ban Duy tu các công trình hạ tầng kỹ thuật đô thị, Công ty TNHH MTV Công viên Cây xanh Hà Nội và một số đơn vị.
Kết quả điều tra ban đầu xác định, ông Nguyễn Đức Chung đã làm trái quy định của nhà nước để Công ty Sinh Thái Xanh, Công ty Cây xanh Hà Nội và bị can Nguyễn Tuấn Nghĩa (Giám đốc Công ty TNHH Xanh Hòa Lạc và Công ty TNHH Phát triển vì nhân dân) được chỉ định đặt hàng trồng cây trên địa bàn từ năm 2016 - 2018, qua đó hưởng lợi bất chính số tiền đặc biệt lớn, gây thiệt hại đặc biệt nghiêm trọng tài sản Nhà nước.
Cơ quan điều tra cho rằng, các công ty này và bị can Nguyễn Tuấn Nghĩa có mối quan hệ thân thiết với ông Chung.
Liên quan vụ án, trước đó, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã khởi tố, bắt giam thêm ông Vũ Kiên Trung, Chủ tịch HĐQT và ông Nguyễn Xuân Hanh, Tổng Giám đốc Công ty TNHH MTV Công viên cây xanh Hà Nội cùng hơn 10 bị can khác trong đó có Nguyễn Tuấn Nghĩa về các tội danh nêu trên.
Cơ quan điều tra cáo buộc, trong quá trình thực hiện chương trình trồng mới, thay thế, bổ sung, chăm sóc cây xanh trên địa bàn thành phố Hà Nội, các đối tượng nêu trên đã có hành vi thông đồng nâng khống giá trị cây, hợp thức hồ sơ dự toán để phê duyệt đặt hàng làm căn cứ thanh quyết toán trái quy định pháp luật gây thiệt hại nghiêm trọng tài sản nhà nước.
Bước đầu, xác định trong quá trình thực hiện 2 Hợp đồng số 1343 ngày 31/12/2016 và số 1090 ngày 31/12/2017 (trong số 15 Hợp đồng giữa Ban duy tu các công trình hạ tầng kỹ thuật đô thị và Công ty TNHH MTV Công viên cây xanh Hà Nội), các đối tượng đã nâng khống giá một số loại cây (chủ yếu là cây chà là và cây bàng lá nhỏ, trong tổng số trên 17 loại cây theo hợp đồng); một số cây trồng mới, thay thế, bổ sung được các đối tượng nhập lậu từ Trung Quốc về Việt Nam.