Theo Kết luận thanh tra số 10/KL-TT, năm 2015 có 3 đơn vị là Thanh tra sở, Ban Điều hành Bến xe tàu và Trung tâm đăng kiểm và Cảng vụ Đường thủy nội địa không có người ký nhận bản kê khai.
Đoàn thanh tra yêu cầu 13 cá nhân kê khai tài sản, thu nhập chưa rõ ràng giải trình, trong đó có ông Dương Hoài Nam, Giám đốc và ông Nguyễn Thanh Sơn, Phó Giám đốc Sở GTVT được Uỷ ban Kiểm tra Tỉnh ủy đã kiểm tra và yêu cầu giải trình về tài sản, thu nhập tăng thêm nên Đoàn thanh tra không kết luận việc kê khai tài sản, thu nhập của 2 người này.
Đối với 11 người còn lại, có 8 người giải trình cơ bản đáp ứng yêu cầu. Còn lại 3 người là ông Bùi Quang Thái, Chánh Thanh tra sở; ông Châu Thanh Phong, Phó Trưởng Phòng Quản lý Vận tải và ông Hứa Trường Hận, Đội trưởng Đội 5 Thanh tra sở chưa chứng minh được nguồn gốc tài sản, thu nhập.
Về chuyển đổi vị trí công tác, qua kiểm tra từ đầu năm 2016 và đối chiếu đến hết tháng 7/2017, Sở GTVT không có xây dựng kế hoạch cũng như không thực hiện việc chuyển đổi vị trí công tác theo quy định.
Trong 3 năm 2014-2016, Sở GTVT hợp đồng lao động 31 trường hợp được UBND tỉnh thống nhất cho chủ trương hợp đồng.
Tuy nhiên, việc tuyển dụng không thông báo công khai trên các phương tiện thông tin đại chúng, trang thông tin điện tử và niêm yết công khai tại trụ sở làm việc về tiêu chuẩn, điều kiện, số lượng cần tuyển, thời hạn và địa điểm tiếp nhận hồ sơ của người đăng ký dự tuyển.
Trong công tác quy hoạch, ngày 20/5/2016, Sở Nội vụ có Công văn 560 về xác nhận quy hoạch chức danh Trưởng phòng, Phó Trưởng phòng và tương đương đối với Sở GTVT.
Tuy nhiên, việc thực hiện quy trình quy hoạch thiếu bước 2 và bước 4 theo hướng dẫn của Sở Nội vụ về thực hiện quy hoạch chức danh lãnh đạo, quản lý như: Tổ chức hội nghị cán bộ, công chức, viên chức (vòng 1, vòng 2), không có phiếu giới thiệu, không có biên bản cuộc họp hội nghị.
Ngoài ra, việc lập quy hoạch chức danh lãnh đạo, quản lý cũng chưa được công khai trong toàn thể cán bộ, công chức, viên chức và người được quy hoạch biết.
Về công tác bổ nhiệm mới, từ tháng 8/2016 - 31/12/2016, Sở GTVT bổ nhiệm mới được 4 trường hợp, trong đó có 1 trường hợp bổ nhiệm mới (Chánh Thanh tra sở), nhưng quy trình lấy phiếu tín nhiệm cán bộ, lãnh đạo chủ chốt thiếu thành phần các trưởng, phó phòng chuyên môn thuộc Sở GTVT.
Về phân công công chức kiêm nhiệm, ngày 30/6/2015, Giám đốc Sở GTVT bổ nhiệm ông Nguyễn Thanh Sơn, Phó Giám đốc Sở GTVT kiêm Chánh Thanh tra sở không có văn bản thống nhất với Chánh Thanh tra tỉnh theo quy định…
Trước những hạn chế, thiếu sót qua thanh tra, Chánh Thanh tra tỉnh kiến nghị Chủ tịch UBND tỉnh kiểm điểm trách nhiệm Giám đốc Sở GTVT và cấp phó có liên quan.
Đồng thời, kiến nghị Giám đốc Sở GTVT kiểm điểm các nội dung còn hạn chế, thiếu sót theo kết luận thanh tra đối với các tổ chức, cá nhân và 11 người kê khai tài sản, thu nhập còn thiếu.
Ngoài ra, xác minh tài sản, thu nhập của ông Bùi Quang Thái, Chánh Thanh tra sở; ông Châu Thanh Phong, Phó trưởng Phòng Quản lý Vận tải và ông Hứa Trường Hận, Đội trưởng Đội 5 Thanh tra sở.