Trên cơ sở thông tin có được, các cục thuế phân tích, đánh giá rủi ro về thuế để lựa chọn, bổ sung vào kế hoạch thanh tra của cơ quan thuế.
Cụ thể, cơ quan thuế sẽ thực hiện thanh tra một số nội dung như: thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân, thuế nhà thầu liên quan đến các doanh nghiệp bán lẻ trong thời kỳ 5 năm (2012-2016) và sẽ thực hiện thanh tra các năm chưa được thanh, kiểm tra thuế .
Tổng Cục Thuế cũng lưu ý một số nội dung thanh kiểm tra như việc sử dụng thương hiệu dưới hình thức nhượng quyền thương mại hoặc chuyển quyền sở hữu nhưng chưa đăng ký với cơ quan quản lý, chưa kê khai nộp thuế chuyển nhượng vốn giữa các chủ sở hữu theo quy định.
Ngành thuế trong năm 2015 cũng thu được 1.911 tỷ đồng thuế thu nhập doanh nghiệp từ chuyển nhượng trong thương vụ Metro Cash & Carry Việt Nam.
Ngoài ra, Tổng Cục Thuế cũng yêu cầu các cục thuế rà soát chi phí dịch vụ mà các doanh nghiệp này trả cho các công ty mẹ ở nước ngoài nhưng không chứng minh được dịch vụ tư vấn đã được thực hiện, hoặc dịch vụ không phục vụ cho sản xuất của doanh nghiệp Việt Nam…
Thời điểm này năm ngoái, Tổng cục Thuế cũng ban hành kế hoạch thanh tra một số siêu thị lớn như Hệ thống siêu thị Big C Việt Nam, Công ty cổ phần thương mại Nguyễn Kim, Công ty cổ phần Đầu tư An Phong…
Năm 2015 kết luận đợt thanh, kiểm tra chống chuyển giá tại Công ty Metro Việt Nam sau 2 tháng thanh tra, ngành tài chính đã phát hiện nhiều vi phạm tại doanh nghiệp, yêu cầu xử lý, truy thu nộp vào ngân sách Nhà nước 507 tỷ đồng.
Năm 2016, sau khi Tập đoàn Casino (Pháp) bán hệ thống siêu thị Big C Việt Nam cho Tập đoàn bán lẻ Central Group (Thái Lan), cơ quan thuế đã yêu cầu BigC nộp 3.600 tỷ tiền thuế từ việc chuyển nhượng này.
Trước đó, ngành thuế trong năm 2015 cũng thu được 1.911 tỷ đồng thuế thu nhập doanh nghiệp từ chuyển nhượng trong thương vụ Metro Cash & Carry Việt Nam chuyển nhượng cho nhà đầu tư mới là TCC Land International bởi bản chất khoản thu nhập từ giao dịch chuyển nhượng vốn này có nguồn gốc từ Việt Nam.