Cụ thể, ảnh hưởng các đợt mưa lũ kéo dài, một số vị trí kết cấu hạ tầng đường sắt đã bị hư hỏng, đặc biệt có những vị trí phải phong tỏa dừng tàu để khắc phục. Cùng đó, hệ thống cầu, đường, hầm, cống... đã có hơn 30 điểm, vị trí trên tuyến đường sắt Bắc - Nam bị xói trôi nền đá, sạt lở taluy, đất đá trên núi cao tràn xuống đường sắt và nhiều điểm nước dâng cao ngập trên đỉnh ray từ 150-800mm, gây mất an toàn chạy tàu.
Hệ thống thông tin tín hiệu, điện, mưa lũ đã gây mất điện lưới, phải chạy máy phát điện để điều hành sản xuất tại 15 ga. Các đường ngang thuộc địa phận các tỉnh Hà Tĩnh, Quảng Bình do bị mất điện lưới các đường ngang, phải thay ắc quy và nạp bổ sung đảm bảo an toàn chạy tàu và luân phiên sử dụng.
Tại một số đường ngang hộp cảm biến bị ngập nước nên phải cử người cảnh giới và treo biển hư hỏng thiết bị tại các đường ngang này để các phương tiện qua lại chú ý an toàn. Một vài đường ngang cần chắn bị bung khớp nối an toàn, phải xử lý gia cố tạm thời. Cùng đó, phải đình chỉ thiết bị điều khiển thông tin tín hiệu tại 3 ga và 2 vị trí đường ngang.
Cũng theo Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam, tổng thiệt hại do giảm doanh thu và chi phí phát sinh là 26,9 tỷ đồng. Trong đó, về vận tải hành khách, thiệt hại khoảng 16,2 tỷ đồng do sụt giảm doanh thu và chi phí phát sinh.
Phó TGĐ Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam Trần Thiện Cảnh cho biết, hiện vẫn còn một số điểm, vị trí hạ tầng tàu phải chạy chậm qua. Các đơn vị đường sắt vẫn tiếp tục tập trung nhân lực, vật lực khắc phục để nâng dần tốc độ, trả lại tốc độ khu gian một cách sớm nhất.