Trong bức thư chia buồn gửi tới Thủ tướng Phạm Minh Chính, Thủ tướng Nhật Bản Fumio Kishida viết: “Chúng tôi bàng hoàng và vô cùng đau buồn trước tin Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng qua đời. Thay mặt Chính phủ và nhân dân Nhật Bản, chúng tôi xin gửi lời chia buồn sâu sắc nhất tới Chính phủ, nhân dân Việt Nam, gia quyến và người thân của Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng”.
Nhà lãnh đạo Nhật Bản cũng ca ngợi: Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng là nhà lãnh đạo xuất sắc, có đóng góp to lớn trong việc xây dựng mối quan hệ đối tác chiến lược toàn diện, chặt chẽ và tốt đẹp trên mọi lĩnh vực giữa Nhật Bản và Việt Nam. Nhật Bản cam kết sẽ tiếp tục hợp tác chặt chẽ với Việt Nam trên cơ sở những đóng góp to lớn này của Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng.
Trong khi đó, tất cả các báo lớn của Nhật Bản đều đưa tin đậm nét về sự ra đi của Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng và ca ngợi những công lao to lớn của ông.
Hãng phát thanh và truyền hình Nhật Bản NHK phát sóng một phóng sự với thời lượng lớn, trong đó nêu bật những công lao của Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng đối với công cuộc xây dựng, bảo vệ và phát triển đất nước của Việt Nam, cùng những đóng góp quan trọng trong quan hệ ngoại giao với các nước bao gồm cả Nhật Bản.
Đài truyền hình NHK nhấn mạnh: “Về ngoại giao, Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng đã thúc đẩy chiến lược ngoại giao một cách tài tình, toàn diện ngay cả khi cộng đồng quốc tế ngày càng trở nên phân cực rõ ràng, duy trì chính sách ngoại giao rộng mở, đa dạng hóa, đa phương hóa các mối quan hệ, thể hiện mong muốn làm bạn với tất cả các nước và vùng lãnh thổ trên thế giới.
Về đối nội, Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng có công lao to lớn trong sự nghiệp xây dựng và phát triển đất nước, công cuộc đổi mới của Đảng Cộng sản Việt Nam, nhất là công tác xây dựng, chỉnh đốn Đảng vững mạnh, trong sạch, cũng như công tác phòng, chống tham nhũng, tiêu cực, đưa đất nước Việt Nam không ngừng phát triển”.
Tờ Thời báo kinh tế Nhật Bản (Nikkei) cũng đưa những thông tin giống NHK nhưng nêu thêm những đóng góp to lớn của Tổng Bí thư cho công cuộc phát triển kinh tế của Việt Nam, trong đó nêu bật quyết sách liên quan đến việc Việt Nam ký kết Hiệp định thương mại tự do với nhiều nước, và nhấn mạnh: “Tổng Bí thư là người khiến nền kinh tế Việt Nam phát triển mạnh mẽ”.
Trong khi đó, tờ báo Japantoday không chỉ ca ngợi những đóng góp to lớn của Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng, mà còn ca ngợi cả về nhân cách của ông. Tờ báo này viết: “Việt Nam đã phát triển mạnh mẽ dưới sự lãnh đạo của Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng, đưa Việt Nam từ một quốc gia nông nghiệp bị chiến tranh tàn phá thành một trong những nền kinh tế phát triển nhanh nhất châu Á. Tăng trưởng GDP hàng năm của Việt Nam đạt trung bình 5,8% trong hơn một thập kỷ qua và vẫn duy trì mức tăng trưởng ấn tượng ngay cả trong thời kỳ đại dịch Covid-19… Cùng với đó, Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng còn là nhà lãnh đạo gần gũi, giản dị và là một nhân cách lớn”.
Ngoài ra, hàng loạt các tờ báo khác của Nhật Bản cũng đưa đậm nét và bày tỏ sự tiếc thương khi Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng từ trần, như Yomiuri Shimbun, Jiji Press, Japan Times…