Theo cáo trạng số của VKSND tối cao xác định, ông Phùng Anh Lê đã không khởi tố, điều tra đối với Nguyễn Hữu Tài và các đồng phạm mặc dù đối tượng đã đầu thú và khai nhận cùng đồng phạm thực hiện hành vi cùng bắt giữ và đánh một người nợ tiền mình.
Cáo trạng nêu, khi xảy ra vụ việc giữ người trái pháp luật do Nguyễn Hữu Tài thực hiện ngày 22/9/2016, Tài bị ra lệnh tạm giữ 4 ngày. Ngay sau đó, gia đình của Tài đã tìm gặp ông Phùng Văn Bảy (người quen ông Phùng Anh Lê) nhờ giúp đỡ. Ông Bảy đặt vấn đề và được ông Lê đồng ý thả Tài với điều kiện đưa mình 110 triệu đồng. Tối 22/9/2016, ông Bảy tới phòng làm việc của ông Lê, giao tiền và nói "cháu xem giúp hòa giải cho nó về".
Theo cáo buộc của VKSND tối cao, ông Phùng Anh Lê đã chỉ đạo Nguyễn Đức Châu, nguyên Đội trưởng Hình sự, Lê Đình Trung, nguyên Phó đội thi hành án hình sự giao Nguyễn Hữu Tài cho Vũ Công Ngọc, Phó đội hình sự quản lý.
Sau đó, Nguyễn Hữu Tài được thả vào khoảng 0h ngày 23/9/2016, chưa đầy một ngày sau khi bị tạm giữ. Nguyễn Hữu Tài và nạn nhân bị anh ta bắt giữ, hành hung đã được gọi lên Công an quận Tây Hồ để hòa giải mâu thuẫn.
Năm 2021, Công an TP Hà Nội phát hiện hành vi phạm tội của Tài chưa bị xử lý nên khởi tố vụ án để điều tra. Kết thúc vụ án, Nguyễn Hữu Tài bị xử phạt 24 tháng tù.
Thời điểm này, ông Phùng Anh Lê đã chuyển công tác lên vị trí Trưởng phòng cảnh sát kinh tế, Công an TP Hà Nội. Vì lý do không thực hiện khởi tố đối với Nguyễn Hữu Tài, ông Phùng Anh Lê liền bị khởi tố điều tra với cáo buộc thả người vi phạm trái pháp luật.
Theo nhận định của VKSND tối cao trong cáo trạng, bị can Phùng Anh Lê là Trưởng Công an quận, Thủ trưởng Cơ quan điều tra nên biết rõ Nguyễn Hữu Tài đang bị tạm giữ để phục vụ cho việc kiểm tra xác minh thông tin tội phạm. Tuy nhiên, khi được ông Phùng Văn Bảy nhờ vả, ông Lê đã chỉ đạo cấp dưới thả người. Ông Phùng Văn Bảy đã thành khẩn, chủ động tự khai ra nội dung đưa tiền cho Lê để giúp đỡ Tà nên VKSND tối cao cho rằng có căn cứ để đổi tội danh đối với ông Phùng Anh Lê.
Tuy nhiên, bản cáo trạng của VKSND tối cao cũng xác định, trong quá trình điều tra, ông Phùng Anh Lê không thừa nhận việc có nhận số tiền 110 triệu đồng của ông Phùng Văn Bảy. Ông Lê khẳng định không chỉ đạo cấp dưới thả người vi phạm trái pháp luật.
Ông Phùng Anh Lê cho rằng ông Phùng Văn Bảy khai sai sự thật và trước khi bị khởi tố, vợ chồng ông Phùng Anh Lê đã gặp ông Bảy, yêu cầu người này xin lỗi vì đã khai báo việc đưa tiền không đúng sự thật, làm ảnh hưởng đến cá nhân ông Lê và gây khó khăn cho hoạt động điều tra của cơ quan điều tra.
Khi khởi tố vụ án và quá trình điều tra, CQĐT, VKSNDTC chứng minh và kết luận ông Phùng Anh Lê không phạm tội "Tha trái pháp luật người bị bắt, người đang bị tạm giữ, tạm giam, người đang chấp hành". Trong vụ án này, Nguyễn Đức Châu, Vũ Công Ngọc, Lê Đình Trung là 3 cán bộ cấp dưới của ông Phùng Anh Lê đã bị truy tố về tội "Tha trái pháp luật người bị bắt, người đang bị tạm giữ tạm giam, người đang chấp hành án phạt tù".
Tại kết luận điều tra bổ sung số ngày 02/04/2022, thì Cơ quan điều tra VKSNDTC xác định ông Lê là chủ mưu, chỉ đạo cấp dưới tha trái pháp luật đối với Nguyễn HữuTài. Căn cứ để đưa ra kết luận này là lời khai của các cán bộ cấp dưới của ông Phùng Anh Lê và các bị can đều khẳng định ông Lê "chỉ đạo miệng".
Ngày 15/03/2022, CQĐT-VKSNDTC ra quyết định thay đổi quyết định khởi tố vụ án hình sự, chuyển tội danh từ "Không truy cứu trách nhiệm hình sự người có tội" sang tội "Nhận hối lộ".
Sau khi đổi tội danh, VKSND tối cao đã có cáo trạng mới, truy tố ông Phùng Anh Lê về tội Nhận hối lộ, một tội danh có hình phạt nặng hơn tội danh đã bị khởi tố.
Cáo trạng của VKSND tối cao cho rằng, sau khi Nguyễn Hữu Tài bị tạm giữ tại nhà tạm giữ của Công an quận Tây Hồ thì ông Phùng Văn Bảy đã gặp ông Lê tại phòng làm việc, đưa 110 triệu đồng và nhờ ông Lê sắp xếp cho Nguyễn Hữu Tài hòa giải với người bị hại. Sau khi nhận tiền, ông Lê chỉ đạo cấp dưới mang hồ sơ báo cáo và chỉ đạo cấp dưới thả Nguyễn Hữu Tài trái pháp luật. Song, ông Phùng Anh Lê liên tục khẳng định không chỉ đạo cấp dưới thả Nguyễn Hữu Tài, không nhận đồng tiền nào từ ông Phùng Văn Bảy.
Điều đáng nói là trong vụ án này, việc buộc tội đối với cựu Trưởng Công an quận Tây Hồ chỉ dựa vào lời khai từ bên được cho là "đưa hối lộ", không có chứng cứ nào khác. Người được cho là "nhận hối lộ" lại không thừa nhận hành vi làm cho việc buộc tội trở nên không vững chắc.
Trong cáo trạng của VKSND tối cao cũng nhận định rõ về hành vi đưa hối lộ, môi giới hối lộ của các cá nhân này, song lại cho rằng việc đưa số tiền này là để hòa giải với người bị hại và không biết, không đề nghị "người có thẩm quyền" tha Nguyễn Hữu Tài nên không truy tố các cá nhân này về tội đưa hối lộ và môi giới hối lộ.
Theo Luật sư Lê Văn Kiên, ĐLS TP Hà Nội, nếu xác định công chức trong lực lượng công an, ở đây là ông Phùng Anh Lê, là người nhận hối lộ thì người đưa tiền và người môi giới, nhờ vả cũng có hành vi phạm tội "đưa hối lộ" và "môi giới hối lộ".
"Việc đưa tiền cho người có thẩm quyền để làm và không làm một việc nào đó vì lợi ích của người đưa tiền là phạm tội Đưa hối lộ. Việc người đưa tiền cho rằng đưa 110 triệu đồng cho ông Lê để hòa giải với bị hại là rất thiếu thuyết phục vì ông Lê không đại diện cho bị hại. Do đó, cần xem xét kỹ chi tiết này của vụ án.
Nếu cáo buộc bị can là phạm tội Nhận hối lộ thì người đưa tiền và người trung gian cũng sẽ phải chịu trách nhiệm hình sự về hành vi đưa hối lộ và môi giới hối lộ", Luật sư Lê Văn Kiên nhận xét.
Đồng ý với Luật sư Lê Văn Kiên, khi đặt vấn đề pháp lý của vụ án này, một số luật sư khác cũng cho rằng, về pháp lý thì nếu có việc đưa tiền cho ông Lê thì khó có thể lý giải là "đưa tiền để hòa giải" vì đối tượng nhận tiền để hòa giải là bị hại của vụ án chứ không phải Trưởng Công an quận Tây Hồ. Do đó, mục đích đưa tiền cho công chức nhà nước thường gắn với việc yêu cầu họ làm trái công vụ vì lợi ích của người đưa tiền. Vì vậy, nếu khởi tố ông Phùng Anh Lê về tội Nhận hối lộ mà không xử lý người đưa hối lộ và người môi giới hối lộ là không chắc chắn.
"Do đó, những vi phạm nào rõ ràng, có căn cứ thuyết phục thì nên xử lý và tránh xử lý một tội danh gây tranh cãi và thiếu thuyết phục, không phù hợp với nguyên tắc suy đoán vô tội", Luật sư Lê Văn Kiên cho biết thêm.
Như vậy, vụ án cựu Trưởng Công an quận Tây Hồ xem ra có nhiều tranh cãi và nhiều vấn đề để bàn khi vụ án được đưa ra xét xử.