Rạn san hô là hệ sinh thái đa dạng nhất của đại dương, được ví như những khu rừng nhiệt đới dưới đáy biển. Các rạn san hô của Việt Nam được phân bố rộng khắp từ Bắc vào Nam với diện tích khoảng hơn 1100km2 với khoảng 400 loài san hô cứng thuộc 79 giống.
Theo các chuyên gia, quần xã san hô ở Việt Nam hoàn toàn có thể được so sánh với các vùng san hô đa dạng nhất trên thế giới.
Theo Viện Hải Dương học, diện tích san hô lớn nhất và tính đa dạng sinh học lớn nhất được ghi nhận tại vùng biển miền Trung và miền Nam. Một số nơi có rạn san hô rất đẹp như Lý Sơn, Bình Định, Côn Đảo, Cù Lao Chàm. Nha Trang từng có những rạn san hô rất đẹp tại Khu bảo tồn thiên nhiên Hòn Mun. Tuy nhiên, thời gian qua, rạn san hô nơi đây đã bị phá hủy nghiêm trọng.
Rạn san hô là nơi có quần thể đa dạng sinh học rất phong phú, là nơi cư trú của rất nhiều loài sinh vật biển.
Hệ sinh thái rạn san hô có cấu trúc rất phức tạp và rất nhạy cảm với sự đe dọa của môi trường. Tại Việt Nam thời gian qua, nhiều rạn san hô đã bị suy thoái nghiêm trọng.
Nguyên nhân suy thoái rạn san hô ở Việt Nam bao gồm cả nguyên nhân tự nhiên và nhân tạo.
Các rạn san hô trên thế giới, trong đó có Việt Nam đang đối mặt với nhiều nguy cơ tự nhiên như sự biến đổi đại dương dẫn đến nhiệt độ ấm lên, axit hóa đại dương.
Tuy nhiên, theo các chuyên gia, những tác động từ con người mới là nguyên nhân chính dẫn đến sự suy thoái nhiều rạn san hô ở Việt Nam. Một số nguyên nhân chính như hoạt động khai thác san hô, đánh bắt hải sản quá mức, du lịch, san lấp, nạo vét.
Các chuyên gia cho rằng, đã đến lúc cần triển khai các biện pháp bảo vệ nghiêm ngặt những vùng san hô quý giá của Việt Nam.