Cụ thể, theo kết luận thanh tra, dự án nâng cấp tuyến đường Pháp Vân – Cầu Giẽ (Hà Nội) chưa thực hiện đúng quy định về công bố danh mục dự án để thực hiện quy trình lựa chọn nhà đầu tư chưa đầy đủ và thiếu chặt chẽ.
Việc thẩm định, phê duyệt dự án đầu tư, Bộ GTVT đã lập và phê duyệt dự án chia thành 2 giai đoạn thực hiện (giai đoạn 1 cải tạo và nâng cấp mặt đường cũ 4 làn xe, giai đoạn 2 xây dựng hoàn chỉnh cao tốc 6 làn xe).
Tuy nhiên, dự án không có quy trình đánh giá, xác định căn cứ cụ thể là dự án cấp bách và cũng chưa được cấp có thẩm quyền xác định và danh mục cấp bách.
Mặt khác, UBND TP Hà Nội chưa có văn bản thống nhất thỏa thuận cụ thể về việc phân kỳ đầu tư thành 2 giai đoạn nên quy mô đầu tư chưa phù hợp với quy hoạch Thủ đô đã được Thủ tướng phê duyệt.
Việc phê duyệt dự án không lường trước được hết những bất cập về hệ thống thu phí, dẫn đến bất hợp lý khi kết nối với tuyến đường cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình, gây bất tiện cho người tham gia giao thông và ùn ứ cục bộ nghiêm trọng tại thời điểm giao thông tăng cao.
Điều đó dẫn đến việc buộc phải khắc phục thay thế bằng biện pháp thu phí tự động và bỏ trạm thu phí Đại Xuyên.
Về phương án thu phí, Bộ GTVT duyệt phương án thu phí theo phân kỳ đầu tư 2 giai đoạn không hợp lý, thu phí ngay sau khi hoàn thành giai đoạn 1 là thảm lại mặt đường nhưng giá thu phí tương đương dự án đường cao tốc xây mới.
Như vậy là bất hợp lý và làm sai quy định của Nhà nước.
Việc thực hiện trình tự phê duyệt Tổng mức đầu tư (TMĐT) thiết kế cơ sở còn thiếu chặt chẽ, Bộ GTVT đã phê duyệt điều chỉnh giảm TMĐT từ 8.475 tỷ đồng xuống còn 6.731 tỷ đồng (giảm 1.743 tỷ đồng).
Ngay sau khi triển khai dự án, Bộ GTVT đã phê duyệt thay đổi thiết kế cơ sở giai đoạn 1, bỏ lớp base bù vênh thay hoàn toàn bằng bê tông nhựa dẫn đến tăng chi phí 25 tỷ đồng.
Áp dụng đơn giá đất đắp chưa đúng khu vực theo thông báo giá dẫn đến phê duyệt TMĐT sai 21 tỷ đồng. Trong đó, áp dụng đơn giá vật liệu của các quận chưa phù hợp dẫn đến làm tăng TMĐT giai đoạn 1 là 2.393 tỷ đồng, giai đoạn 2 là 18.783 tỷ đồng.
Cũng theo kết luận TTCP, việc lựa chọn nhà đầu tư, công bố thông tin dự án chưa rộng rãi, minh bạch.
Sai phạm về giá thu phí được TTCP chỉ rõ, trước khi thực hiện dự án, Bộ Tài chính đã có văn bản về việc thu phí chỉ được thực hiện khi dự án hoàn thành và đưa vào sử dụng.