Xét xử theo Điều 276-Bộ luật Hình sự năm 1999 sửa đổi, bổ sung năm 2009 vì thời điểm Huỳnh Thục Vy vi phạm là thời điểm trước khi Bộ Luật Hình sự sửa đổi năm 2015 có hiệu lực thi hành (vào ngày 1/1/2018).
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân thị xã Buôn Hồ, do ý thức coi thường pháp luật của Nhà nước, vào lúc 11 giờ ngày 1/9/2017, tại tổ dân phố Tân Hà 2, phường Thống Nhất, thị xã Buôn Hồ, tỉnh Đắk Lắk, bị can Huỳnh Thục Vy điều khiển xe máy hiệu Suzuki Revo BS: 59T1.226.00 lưu thông trên đường Hồ Chí Minh, đến trước số nhà 1222 đường Hùng Vương, phường Thống Nhất, thị xã Buôn Hồ.
Tại đây Vy một tay cầm lá cờ Tổ quốc, một tay dùng bình sơn mi ni xịt sơn màu trắng lên chính giữa ngôi sao của 2 lá cờ do UBND phường Thống Nhất, thị xã Buôn Hồ cắm trước số nhà 1222 và 1224, đường Hồ Chí Minh nhân kỷ niệm 72 năm ngày Cách mạng tháng tám và Quốc khánh nước 2/9/2017.
Sau khi xịt sơn, Vy lấy điện thoại di động chụp hình Vy cùng hai lá cờ bị xịt sơn rồi điều khiển xe máy về nhà, trên đường đi về Vy đã vứt bỏ bình sơn vào thùng rác bên đường. Đến 12 giờ 16 phút cùng ngày 1/9/2017, Vy đăng hình ảnh chụp với hai lá cờ Tổ quốc bị xịt sơn lên mạng xã hội Facebook và ghi nội dung “Phản đối lễ lạc bằng cờ đỏ sơn trắng”.
Ngày 3/9/2017, Công an phường Thống Nhất, thị xã Buôn Hồ phát hiện 2 lá cờ Tổ quốc cắm trước số nhà 1222 và 1224, đường Hùng Vương, phường Thống Nhất, thị xã Buôn Hồ bị dính nhiều chất màu trắng ở phần ngôi sao đã lập biên bản tạm giữ và bàn giao cho Công an thị xã Buôn Hồ điều tra, xử lý theo thẩm quyền.
Kết luận giám định ngày 2/11/2017 và giải thích kết luận giám định ngày 7/6/2018 của Sở Văn hóa Thể thao và Du lịch tỉnh Đắk Lắk: Hai lá cờ hình chữ nhật, có nền đỏ, ở giữa có ngôi sao vàng năm cánh đều là cờ Tổ quốc (Quốc kỳ) theo quy định của pháp luật.
Kết luận giám định số 797/C54C (D4), ngày 12/12/2017 của Phân viện Khoa học hình sự tại thành phố Đà Nẵng, chất màu trắng bám dính trên hai lá cờ được niêm phong gửi giám định đều là sơn.
Ngày 15/6/2018, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an thị xã Buôn Hồ đã quyết định Khởi tố vụ án hình sự số 29; ngày 9/8/2018 đơn vị này cũng đã quyết định khởi tố bị can đối với Huỳnh Thục Vy về tội “xúc phạm Quốc kỳ”, quy định tại Điều 276 Bộ luật Hình sự năm 1999.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân thị xã Buôn Hồ, Huỳnh Thục Vy từng có tiền sự bị UBND tỉnh Quảng Nam ngày 2/12/2011, xử phạt hành chính với hình thức phạt tiền 85 triệu đồng về hành vi “Cung cấp, trao đổi, tuyên truyền đưa hoặc lưu trữ, sử dụng thông tin số để chống Nhà nước Cộng hòa xã hội Chủ nghĩa Việt Nam, phá hoại khối đại đoàn kết toàn dân mà chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự”, bị can vẫn chưa chịu chấp hành hình phạt.
Kết thúc phiên tòa, Hội đồng xét xử tuyên án phạt Huỳnh Thục Vy với hình phạt 2 năm 9 tháng tù giam. Đồng thời, Tòa án nhân dân thị xã Buôn Hồ cũng ra lệnh quyết định cấm đi khỏi nơi cư trú, cấm xuất cảnh đối với Huỳnh Thục Vy.