Liên quan đến vụ án này, cuối tháng 6/2016, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an đã hoàn tất kết luận điều tra và chuyển hồ sơ đề nghị Viện Kiểm sát Nhân dân tối cao truy tố 4 bị can gồm: Trần Văn Liêm (nguyên Tổng giám đốc); Giang Kim Đạt (nguyên quyền Trưởng phòng kinh doanh); Trần Văn Khương (nguyên Kế toán trưởng) cùng bị đề nghị truy tố về tội tham ô tài sản. Riêng Giang Văn Hiển, bố của Giang Kim Đạt, bị đề nghị truy tố về tội rửa tiền.
Trước đó, ngày 14/07/2015, Tổng Cục An ninh, Bộ Công an đã thông báo kết quả điều tra ban đầu hành vi của Giang Kim Đạt và đồng phạm tham ô 18,6 triệu USD của Nhà nước.
Đối tượng Giang Kim Đạt bị bắt giữ ngày 7/7/2015 và dẫn độ về nước sau 5 năm lẩn trốn về tội Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng tại Vinashinlines.
Theo Trung tướng Trình Văn Thống, Phó Tổng Cục trưởng Tổng cục An ninh, trong chuyên án này Giang Kim Đạt, sinh năm 1977, nguyên Quyền Trưởng phòng kinh doanh của Vinashinlines đã thông đồng cấu kết với đối tác nước ngoài gửi giá ăn chia hoa hồng theo giá trị hợp đồng mua tàu và tiền chênh lệch khi cho thuê tàu từ 1 đến 2 giá.
Bằng thủ đoạn này, Đạt đã chiếm đoạt khoảng 18,6 triệu USD để chi tiêu cá nhân, mua bất động sản và ô tô đứng tên người thân.
Cơ quan tố tụng xác định, từ tháng 5/2006 đến tháng 6/2008, Công ty Vinashinlines đã lập các dự án đầu tư mua tàu biển, sau đó khai thác kinh doanh cho thuê tàu.
Các tàu mua về phần lớn là tàu cũ, chất lượng không đảm bảo, tiêu hao nhiên liệu lớn.
Mặt khác, trong việc giao dịch mua tàu, cho thuê các con tàu, Trần Văn Liêm, Giang Kim Đạt và các đồng phạm khác đã chiếm đoạt tiền chênh lệch trong việc mua 3 con tàu gồm: Vinashin Summer, Vinashin Island, Vinashin Phoenix cũng như tiền chênh lệch giá cước trong việc khai thác, kinh doanh, cho thuê 9 con tàu tại Vinashinlines.
Để che giấu nguồn tiền, Giang Kim Đạt đã nhờ bố là Giang Văn Hiền đứng tên, mở nhiều tài khoản ngoại tệ tại nhiều ngân hàng để nhận và rút các khoản tiền mà các công ty nước ngoài chuyển cho Đạt.
Mỗi khi tiền về, ông Hiền có nhiệm vụ rút tiền ra rồi chuyển cho Đạt và mua nhà cửa, đất đai do người thân trong gia đình đứng tên.
Với vai trò này, ông Hiền bị đề nghị truy tố về tội danh rửa tiền. Cơ quan điều tra xác định có khoảng 40 căn biệt thự ở những vị trí “vàng” trên khắp cả nước và nhiều xe ô tô đắt tiền đứng tên người thân trong gia đình Đạt.
Đây cũng là trường hợp hiếm hoi bị truy tố về tội danh rửa tiền kể từ khi Luật Phòng, chống rửa tiền 2012 có hiệu lưc.
Đối với Trần Văn Liêm, nguyên TGĐ Vinashinlines, tháng 8/2015, Cơ quan An ninh điều tra - Bộ Công an đã ra Quyết định tiếp tục khởi tố bị can để điều tra về hành vi “Tham ô tài sản” theo Điều 278 BLHS.
Trần Văn Liêm, sinh năm 1955 tại Ninh Bình; nơi đăng ký HKTT: Phòng 1208, nhà 17T6 khu đô thị Trung Hòa - Nhân Chính, phường Nhân Chính, quận Thanh Xuân, thành phố Hà Nội; nguyên Tổng giám đốc Công ty TNHH một thành viên Vận tải viễn dương.
Trần Văn Liêm hiện đang chấp hành hình phạt về tội “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng” mức án 19 năm tù, bị buộc bồi thường 495 tỷ đồng trong vụ tiêu cực xảy ra tại Tập đoàn Công nghiệp Tàu thủy Việt Nam (Vinashin).
Trần Văn Liêm bị Viện kiểm sát nhân dân Tối cao đã phê chuẩn Quyết định khởi tố bị can, Cơ quan An ninh điều tra, Bộ Công an cũng đã điều tra mở rộng vụ án, làm rõ hành vi phạm tội của bị can Trần Văn Liêm và những người có liên quan để xử lý trước pháp luật.
Với đối tượng Trần Văn Khương, nguyên Kế toán trưởng Vinashinlines, tháng 11/2015 Cơ quan an ninh điều tra (Bộ Công an) đã ra quyết định khởi tố bị can, bắt tạm giam Trần Văn Khương về hành vi Tham ô tài sản.
Ông Khương, 66 tuổi, bị khởi tố nhằm phục vụ điều tra vụ án "Tham ô tài sản, cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng, chứa chấp, tiêu thụ tài sản do người khác phạm tội mà có, che giấu tội phạm" xảy ra tại Công ty TNHH một thành viên Vận tải viễn dương Vinashin.
Hiện cơ quan điều tra tiếp tục mở rộng vụ án, làm rõ hành vi phạm tội của các bị can để xử lý trước pháp luật và thu hồi tài sản bị chiếm đoạt.
Gần đây, dư luận bức xúc trước việc 9 con tàu kéo đẩy và 3 xà lan của Vinashinlines nằm bỏ hoang nhiều năm trên vịnh Hạ Long gây ô nhiễm môi trường và làm xấu hình ảnh du lịch Quảng Ninh đã được di rời.
Các “xác chết” này được công ty thả nổi trên Vịnh Hạ Long từ năm 2012 do Công ty làm ăn thua lỗ.
Đã rất nhiều lần UBND TP Hạ Long yêu cầu Công ty này di rời đống sắt vụn gây ô nhiễm và phải đến giữa năm 2016 công ty mới chịu di dời sau khi UBND TP Hạ Long có công văn sẽ tiến hành cưỡng chế.