Trạm thu phí đường hầm vượt sông Sài Gòn nằm trên đường Mai Chí Thọ, quận 2, TPHCM, vị trí trạm cách cửa hầm 340 mét. Trạm thu phí này có 10 làn thu phí tổ chức thu phí cho cả hai chiều lưu thông qua hầm. Hệ thống thu phí tại đây được trang bị công nghệ bán tự động sử dụng hệ thống dò phân loại sớm các loại xe (một dừng).
Những chiếc xe đầu tiên qua trạm thu phí Thủ Thiêm
Ngay từ lúc 6h sáng, việc thu phí thử nghiệm đã nhanh chóng được thực hiện. 10 quầy thu phí ở hai chiều xe chạy của trạm đồng loạt thực hiện các thao tác như: nhận dạng, soát vé, đóng, mở barie nhưng không thu tiền phí.
Do ngày đầu triển khai thu thử nghiệm nên Trung tâm quản lý hầm vượt sông Sài Gòn phải cử nhân viên đứng hướng dẫn các xe lưu thông, thực hiện các thao tác qua trạm. Ngoài ra, tại một làn thu phí cũng gặp sự cố về kỹ thuật nên nhiều lần phải đóng làn thu phí lại để khắc phục. Việc thu phí tiến hành khá thuận lợi, không xảy ra tình trạng ùn ứ tại khu vực.
Theo Sở GTVT TPHCM, thời gian thu phí thử nghiệm tại trạm này sẽ kéo dài từ nay đến hết ngày 29/10/2012. Trong thời gian này các phương tiện lưu thông qua hầm vượt sông Sài Gòn đều phải thực hiện các thao tác như qua các trạm thu phí khác. Trong trường hợp xảy ra ùn tắc giao thông tại khu vực thu phí thì các thao tác trên sẽ bị tạm ngưng.