Theo Sở GTVT, Trung tâm Quản lý Đường hầm sông Sài Gòn (trung tâm quản lý) đã phát hiện 85 lỗi của hệ thống thiết bị đường hầm từ khi đưa vào sử dụng. Nhà thầu đã khắc phục được 80 lỗi (một trong 5 lỗi quan trọng còn lại chưa khắc phục được là các camera vẫn không quan sát rõ 11 vị trí trong hầm). Hiện nay, trung tâm quản lý đang xúc tiến dự án bổ sung, nâng cấp hệ thống camera trong đường hầm.
Một trường hợp xe môtô bị chết máy trong đường hầm sông Sài Gòn.
Theo hợp đồng dự án, đường hầm sông Sài Gòn chỉ được bảo hành 1 năm kể từ ngày 21-11-2011. Thế nhưng đến nay, công trình vẫn chưa được Hội đồng Nghiệm thu Nhà nước nghiệm thu chính thức (mới chỉ cho phép thông xe). UBND TPHCM đã yêu cầu ban quản lý dự án đàm phán với nhà thầu để kéo dài thời gian bảo hành công trình song vẫn chưa rõ nhà thầu có đồng ý hay không.
Vì thời gian bảo hành còn quá ít, Sở GTVT kiến nghị UBND TP cho phép vận hành thử nghiệm trạm thu phí đường hầm sông Sài Gòn để nhà thầu hiệu chỉnh những sai sót, khiếm khuyết trong quá trình xây dựng trạm. Trong quá trình thử nghiệm sẽ không thu phí cho đến khi HĐND TP cho phép thu chính thức.
Việc xử lý lún và thấm trong đường hầm là vấn đề hết sức quan trọng và liên quan đến tuổi thọ công trình nên Chủ tịch UBND TPHCM Lê Hoàng Quân yêu cầu tư vấn và nhà thầu đánh giá đầy đủ vấn đề để xây dựng quy trình bảo trì, xử lý khắc phục và sớm thực hiện trong thời hạn bảo hành.
Đối với việc phối hợp khi có tai nạn xảy ra trong hầm, trung tâm đã liên hệ số điện thoại cấp cứu 115 nhằm đề nghị hỗ trợ cấp cứu nạn nhân. Tuy nhiên, sau 9 tháng đưa vào sử dụng, tổng số vụ va quệt trong hầm là 41 vụ, làm 13 người bị thương nhưng lực lượng y tế đến hiện trường rất chậm. Có đến 12 vụ va quệt mà trung tâm phải chủ động đưa người bị nạn đi cấp cứu.