Hầu tòa cùng ông Sơn có các bị cáo: Hoàng Văn Đồng (Trung tướng, cựu Chính ủy Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển); Doãn Bảo Quyết (Thiếu tướng, cựu Phó chính ủy); Phạm Kim Hậu (Thiếu tướng, cựu Tham mưu trưởng); Bùi Trung Dũng (Thiếu tướng, cựu Phó tư lệnh); Nguyễn Văn Hưng (Đại tá, cựu Phó tư lệnh) và Bùi Văn Hòe (Thượng tá, cựu Phó phòng tài chính).
Phiên tòa do Thẩm phán, Đại tá Phạm Minh Khôi điều hành; 2 sĩ quan thuộc Viện kiểm sát quân sự Bộ đội Biên phòng giữ quyền công tố tại tòa. Bào chữa cho các bị cáo có 8 luật sư.
Tòa triệu tập Bộ tư lệnh Cảnh sát Biển là bị hại, cùng hơn 40 nhân chứng tham gia tố tụng.
Theo cáo trạng , năm 2019, Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển phân bổ 150 tỷ đồng ngân sách Nhà nước cho Cục Kỹ thuật để mua sắm vật tư, thiết bị. Bị cáo Nguyễn Văn Sơn khi đó gặp, yêu cầu Nguyễn Văn Hưng phải rút ra 50 tỷ đồng chuyển lại cho Bộ Tư lệnh sử dụng.
Trước yêu cầu của Sơn, bị cáo Hưng cho rằng, Cục Kỹ thuật chưa bao giờ làm việc này, muốn rút ra 50 tỷ đồng cần có sự thống nhất trong thủ trưởng Bộ Tư lệnh. Nguyễn Văn Sơn sau đó tạo điều kiện cho Cục Kỹ thuật bằng cách chỉ đạo phân bổ thêm 29 tỷ đồng, khiến ngân sách cho cục này tăng lên 179 tỷ đồng.
Tháng 4/2019, tại phòng ăn của thủ trưởng Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển, ông Sơn cùng các bị cáo Hoàng Văn Đồng, Doãn Bảo Quyết, Phạm Kim Hậu, Bùi Trung Dũng, nói về việc rút 50 tỷ đồng ngân sách phân bổ cho Cục Kỹ thuật. Tất cả đồng ý nên ông Sơn sau đó chỉ đạo Nguyễn Văn Hưng thực hiện.
Nhận được chỉ đạo, ông Hưng lại yêu cầu 6 trưởng phòng nghiệp vụ thuộc Cục Kỹ thuật phải rút đủ 50 tỷ đồng. Khi bị họ phản ứng là khó, bị cáo Hưng cho rằng “phải xác định việc rút lại 50 tỷ đồng là nhiệm vụ thủ trưởng giao và phải hoàn thành”.
Sau đó, mỗi trưởng phòng dưới quyền ông Hưng được giao chỉ tiêu phải rút ruột từ 50 triệu đồng đến 25 tỷ đồng để đủ mức 50 tỷ đồng do Sơn yêu cầu.
Khi có được số tiền này, bị cáo Nguyễn Văn Sơn chia cho mình và Hoàng Văn Đồng, Doãn Bảo Quyết, Phạm Kim Hậu, Bùi Trung Dũng, mỗi người 10 tỷ đồng.
Sau khi vụ án được phát giác, nhóm các tướng lĩnh Cảnh sát biển nói trên đã nộp lại tiền.
Với 6 trưởng phòng thuộc Cục Kỹ thuật, Viện kiểm sát Quân sự Trung ương xác định họ có mối quan hệ lệ thuộc, thực hiện mệnh lệnh cấp trên, không có động cơ vụ lợi và không biết số tiền 50 tỷ đồng sau đó bị chia cá nhân nên không xử lý hình sự.