Các bị can bị truy tố gồm: Cấn Hồng Lai - cựu Tổng Giám đốc Cienco 1; Phạm Dũng - cựu Chủ tịch Hội đồng thành viên Cienco 1; Lê Văn Long - cựu Kế toán trưởng; Nguyễn Thị Bích Hạnh - phó Phòng Tài chính kế toán; Nguyễn Ngọc Tuyển - cựu Kiểm toán viên Công ty kiểm toán A&C và hai người khác.
Theo cáo trạng, Cienco1 thành lập từ năm 1995, Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ do Bộ GTVT đại diện làm chủ sở hữu.
Năm 2013, Bộ GTVT có quyết định phê duyệt danh sách doanh nghiệp thuộc bộ thực hiện cổ phần hóa, trong đó có Cienco 1. Ban Chỉ đạo cổ phần hóa doanh nghiệp do bị can Phạm Dũng làm Trưởng ban, bị can Cấn Hồng Lai làm Phó ban.
Quá trình cổ phần hóa, các cựu lãnh đạo Cienco 1 đã có nhiều sai phạm gây thiệt hại tài sản nhà nước số tiền lớn. Cụ thể, để xử lý tài chính trước khi cổ phần hóa, với mục đích Cienco 1 không còn các khoản nợ xấu, bị can Dũng và Lai cùng các thuộc cấp đã thống nhất cùng nhau xử lý các khoản nợ phải thu trái quy định pháp luật. Hành vi trên của các cựu lãnh đạo Cienco 1 dẫn đến không tính vào giá trị doanh nghiệp khi cổ phần hóa, thiệt hại số tiền gần 185 tỷ đồng.
Sau khi chuyển thành công ty cổ phần, Cienco 1 tiếp tục tiến hành thu hồi các khoản nợ đối với 6 công ty trực thuộc và đã thu được 65 tỷ đồng, nhưng lại không đề xuất bàn giao cho Nhà nước mà chỉ đạo chi cho các hoạt động khác. Cơ quan điều tra đã có văn bản yêu cầu Cienco 1 "nộp lại số tiền hưởng lợi bất chính" nhưng đến nay vẫn chưa thực hiện.
Cũng theo cáo trạng, Cienco 1 khi cổ phần hóa còn không xác định giá trị quyền sử dụng 4 khu đất vào giá trị doanh nghiệp. Các khu đất đều nằm ở vị trí đẹp, rộng từ 422m 2 đến hơn 16.000m 2 tại TPHCM, Long An, Tiền Giang và Gia Lai.
Hội đồng định giá tài sản tố tụng hình sự tại 4 địa phương xác định năm 2013, tổng giá trị 4 khu đất của Cienco 1 là hơn 67,4 tỷ đồng. Do vậy, hành vi không xác định giá trị quyền sử dụng 4 khu đất của các bị can đã gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 54,7 tỷ đồng.