Thông tin ban đầu, khoảng 19h45 cùng ngày, đoàn tàu SE2 xuất phát từ ga Sài Gòn lưu thông qua khu vực phường Linh Tây, quận Thủ Đức, TP.HCM.
Khi đến km 1713+406 khu vực Bình Triệu – Sóng Thầ,n đoạn gần giao lộ Phạm Văn Đồng – Tô Ngọc Vân, phường Linh Tây, quận Thủ Đức thì va chạm với 1 người đàn ông ngồi giữa đường ray xe lửa. Do khoảng cách quá gần nên đoàn tàu đã không kịp thắng, tông người đàn ông.
Cú va chạm khiến cho người đàn ông tử vong tại chỗ. Một cán bộ thuộc ngành đường sắt đi theo đoàn tàu nói trên kể lại thời điểm vụ việc xảy ra, dù tàu đã hú còi nhiều lần nhưng người đàn ông vẫn không di chuyển ra ngoài dẫn đến bị tông trúng.
Nhận tin báo, lực lượng chức năng địa phương phối hợp với ngành đường sắt có mặt phong tỏa hiện trường, lấy lời khai các nhân chứng, điều tra nguyên nhân vụ việc.
Theo một số người dân sống tại khu vực trên, nạn nhân khoảng 40 tuổi và không phải người địa phương. Họ chứng kiến nạn nhân ngồi giữa đường ray nên nhận định người này có ý định tự tử.
Đến 22h cùng ngày, thi thể nạn nhân được lực lượng chức năng di chuyển khỏi hiện trường.