Theo kết luận điều tra, cuối tháng 2-2020, UBND TP Hà Nội phê duyệt kế hoạch sử dụng đất và giao cho UBND huyện Đông Anh công khai kế hoạch sử dụng đất; trong đó có dự án xây dựng hạ tầng kỹ thuật khu đấu giá quyền sử dụng đất phía Đông Nam (thôn Cổ Dương, xã Tiên Dương, huyện Đông Anh) có diện tích hơn 49.000m 2 .
Cùng thời gian đó, UBND huyện Đông Anh phê duyệt kế hoạch đấu giá quyền sử dụng đất năm 2020, trong đó có dự án trên. UBND huyện Đông Anh đã giao cho Ban Quản lý dự án và đầu tư xây dựng huyện Động Anh (ban quản lý) là đơn vị tổ chức đấu giá.
Bị can Nguyễn Thị Loan
Sau đó, bị can Trần Công Tuyên (Trưởng phòng Hành chính Ban Quản lý) đã trao đổi với Chử Việt Anh (phó giám đốc ban quản lý) về việc nhờ đơn vị thẩm định xác định giá khởi điểm. Chử Việt Anh nói lại với Tuyên rằng, có Công ty cổ phần Tư vấn thẩm định giá và đầu tư Hà Nội (VVAI) do Nguyễn Thị Diệu Linh làm Tổng Giám đốc (bạn học của Chử Việt Anh).
Khoảng tháng 6-2020, theo yêu cầu của Chử Việt Anh, Linh đã cùng các nhân viên tại VVAI gặp các cán bộ ban quản lý để tiếp nhận tài liệu và khảo sát thực địa. Đơn vị thẩm định xác định khu đất có giá khoảng 504 tỷ đồng. Tuy nhiên, theo chỉ đạo của Tuyên, nhân viên ban quản lý gọi điện yêu cầu phía thẩm định làm lại đơn giá, điều chỉnh, hạ giá xuống còn khoảng 300 tỷ đồng, sau đó khu đất được điều chỉnh còn 334 tỷ đồng.
Do quy mô dự án trên 30 tỷ đồng nên thẩm quyền phê duyệt thuộc UBND TP Hà Nội. Ngày 16-9-2020, UBND huyện Đông Anh có tờ trình gửi UBND TP Hà Nội và Sở TN-MT về việc xác định và phê duyệt giá khởi điểm làm cơ sở đấu giá quyền sử dụng khu đất trên.
Tại cơ quan điều tra, bị can Trần Công Tuyên đã không thừa nhận việc chỉ đạo cấp dưới điều chỉnh hạ giá. Tuy nhiên, căn cứ vào lời khai các bị can, cơ quan điều tra có đủ căn cứ kết luận bị can Tuyên đã chỉ đạo cấp dưới trao đổi với phía thẩm định để hạ giá khu đất trên từ 500 tỷ đồng xuống còn 300 tỷ đồng.
Căn cứ kết luận định giá của hội đồng định giá tài sản trong tố tụng hình sự TP Hà Nội so với chứng thư thẩm định giá mà VVAI đưa ra, xác định với việc hạ giá khu đất trên đã gây thiệt hại cho ngân sách nhà nước hơn 135 tỷ đồng.
Sau khi UBND TP Hà Nội phê duyệt giá khởi điểm để tổ chức đấu giá dự án trên, ban quản lý đã thực hiện tổ chức đấu giá. Để tham gia đấu giá khu đất trên, bị can Nguyễn Thị Loan (Chủ tịch HĐQT Công ty cổ phần tập đoàn Dược phẩm Vimedimex đã sử dụng 3 công ty mà Loan có cổ phần góp vốn nhưng nhờ người khác đứng tên (Công ty cổ phần Phát triển nhà ở Bắc Từ Liêm, Công ty cổ phần Đầu tư bất động sản Thanh Trì, Công ty cổ phần Đầu tư bất động sản Mỹ Đình).
Toàn bộ 3 công ty trên đều do bị can Loan điều hành. Để hoàn thiện hồ sơ tham gia đấu giá, Loan đã chỉ đạo cấp dưới chuẩn bị hồ sơ, đồng thời chuyển 90 tỷ đồng vào tài khoản của 3 công ty trên để đặt cọc tham dự đấu giá.
Các công ty của bị can Loan bỏ giá các vòng với số tiền giống nhau với mục đích công ty nào trúng đấu giá thì khu đất trên vẫn thuộc về Công ty cổ phần tập đoàn Vimedimex. Kết quả, Công ty cổ phần Phát triển nhà ở Bắc Từ Liêm trúng đấu giá với giá hơn 326 tỷ đồng (cơ quan điều tra đã thu giữ thư điện tử thể hiện Nguyễn Thị Loan chỉ đạo sử dụng pháp nhân của 3 công ty tham gia đấu giá).
Cơ quan điều tra kết luận, từ việc ban hành chứng thư thẩm định giá không đúng giá trị thực tế, kết quả trúng đấu giá đối chiếu với kết luận định giá tài sản tại thời điểm tháng 10-2020 thì doanh nghiệp của bị can Loan được hưởng hơn 135 tỷ đồng.
Cuối tháng 10-2021, bị can Nguyễn Thị Loan đã có đơn đề nghị trả lại khu đất trên. Tháng 11-2021, đơn vị trúng đấu giá đã bàn giao khu đất trên cho UBND huyện Đông Anh và đã thanh toán các khoản tiền liên quan tới dự án với tổng số tiền hơn 579 tỷ đồng. Đây được xem là tình tiết giảm nhẹ đối với bị can Nguyễn Thị Loan.