Tướng David McKiernan 6/2008 - 6/2009
Bộ trưởng Quốc phòng Robert Gates đã yêu cầu tướng David McKiernan từ chức, một năm trước khi nhiệm kỳ chỉ huy của ông kết thúc. Quyết định sa thải này được coi như một sự không chấp thuận của Tổng thống mới đắc cử Barack Obama với phương pháp tiến hành chiến tranh thông thường của ông McKiernan. Tổng thống Obama ủng hộ chiến lược chống chiến tranh du kích nhằm làm suy yếu sự lôi kéo của quân nổi dậy với dân thường.
Đó là lần đầu tiên Tổng thống Mỹ sa thải một vị tướng thời chiến kể từ khi Tổng thống Harry Truman cách chức tướng Douglas MacArthur trong chiến tranh Triều Tiên.
Tướng Stanley A. McChrystal, 6/2009 - 6/2010
Tổng thống Obama đã thay thế tướng McKiernan bằng tướng Stanley A. McChrystal, người nắm rõ về các chiến dịch đặc biệt. Tướng McChrystal nhậm chức với sứ mệnh tái định hình cuộc chiến với sự trợ giúp là quyết định tăng quân của Tổng thống Obama.
Một năm sau khi tăng quân, một bài báo trên tạp chí Rolling Stone trích nhận xét chê bai của các thành viên thuộc đội ngũ của tướng McChrystal về chỉ huy của mình cũng như các quan chức dân sự khác, gồm cả phó Tổng thống Joseph Biden là ngu ngốc và không biết gì về sự phức tạp của chiến tranh. Obama triệu tập tướng này về Washington để giải thích và sau đó buộc ông từ chức.
Tướng David Petraeus, 7/2010 - 7/2011
Tướng Petraeus đảm nhiệm vị trí lãnh đạo các lực lượng tại Afghanistan nhằm lấp vào chỗ trống do sự ra đi đột ngột của tướng McChrystal để lại. Ông đồng ý giữ vi trí này trong một năm. Tướng Petraeus đã hoàn tất nhiệm kỳ và sau đó ra quân để trở thành Giám đốc CIA vào tháng 9/2011. Hôm 9/11/2012, ông Petraeus từ chức lãnh đạo CIA sau khi thú nhận có quan hệ tình ái ngoài hôn nhân với người viết tiểu sử Paula Broadwell.
Bê bối được đem ra ánh sáng như một phần cuộc điều tra của FBI về những lá thư đáng nghi giữa Paula Broadwell và một phụ nữ khác.
Tướng John Allen, từ 7/2011 tới giờ
Tướng Allen được Tổng thống Obama bổ nhiệm để giám sát việc rút quân của Mỹ và lực lượng quốc tế trước kế hoạch chuyển giao trách nhiệm an ninh cho chính phủ Afghanistan vào năm 2014.
Các quan chức Lầu Năm Góc hôm 13/11 cho hay, vị tướng này hiện đang bị điều tra về hàng nghìn lá thư yêu đương với người phụ nữ thứ hai có liên quan tới bê bối tình ái của ông Petraeus. Hiện quyết định bổ nhiệm tướng Allen làm Chỉ huy tiếp theo của Bộ chỉ huy châu Âu của Mỹ và chỉ huy quân NATO tại châu Âu đang bị treo.