Tháng 8 năm 1966, Hakamada bị bắt giam vì nghi châm lửa đốt một nhà máy tại Shinzuoka, cách Tokyo 130km về phía tây nam, khiến 4 người thiệt mạng. Tháng 9 năm 1968, y bị tòa án tối cao Shinzuoka kết án tử hình. Tòa án Tối cao Nhật Bản đã giữ nguyên bản án tử hình đối với Hakamada vào ngày 19 tháng 11 năm 1980.
Tuy nhiên, có ý kiến cho rằng Hakamada đã bị xử oan. Các bằng chứng tìm thấy tại hiện trường càng chứng tỏ vụ án còn nhiều khuất tất . Mặc dù phải chịu án tử hình nhưng Hakamada chưa phải thi hành án.
Vào tháng 4 năm 2004, một cuộc kiểm tra ADN phát hiện ra rằng mẫu máu thu thập được trên vai chiếc áo phông được tìm thấy trong đống quần áo tại hiện trường không phải máu của các nạn nhân, cũng không phải máu của Hakamada.
Chị gái Hakamada, bà Hideko (80 tuổi) đã giữ im lặng sau khi những sự kiện trên diễn ra nhưng tới tháng 7 năm đó, bà phát động một loạt các cuộc biểu tình tại 8 địa điểm trên khắp Nhật Bản để đòi lại sự trong sạch cho em mình.
"Khi kết quả ADN được công bố, tôi đã bớt căng thẳng," Hideko nói tại một buổi thuyết trình tại Đại học Luật Nihon Tokyo. "Cho tới bây giờ, vì gia đình cậu ấy, chúng tôi tránh nói bất cứ điều gì về nó. Sau khi vụ việc xảy ra, mẹ tôi đã ngã quỵ vì nỗi đau tinh thần và sau khi bà qua đời, tôi có trách nhiệm hỗ trợ em trai mình."
Hideko đã tới thăm Hakamada ít nhất 1 lần một tháng. Tuy nhiên, một sự kiện mang tới hy vọng cho bà và tăng thêm dũng khí là khi một cựu thẩm phán nói rằng Hakamada đã bị buộc tội nhầm.
Năm 2007, Norimichi Kumamoto, một trong ba thẩm phán kết án Hakamada đầu tiên, đã lên tiếng rằng ông luôn tin cựu võ sĩ vô tội nhưng không thể thuyết phục được hai đồng nghiệp của mình lúc đó.
Mặc dù sự tiết lộ này vi phạm luật chống tiết lộ các cuộc thảo luận giữa các thẩm phán nhưng Kumamoto, người đã từ chức và trở thành một luật sư biện hộ sau vụ án Hakamada, nói rằng ông hối hận vì không nói ra sớm hơn.
Tuy nhiên, sau gần 47 vụ án Hakamada (77 tuổi) vẫn chưa được giải đáp, cựu võ sĩ đã bị rối loạn tâm thần và không nhận biết được rằng mình đang ở trong tù.
