Theo đó, Cơ quan thường trực Ban Chỉ đạo 138/CP là Bộ Công an; giúp việc Ban Chỉ đạo 138/CP và Thường trực Ban Chỉ đạo là Văn phòng Bộ Công an và Tổ chuyên viên liên ngành.
Trưởng ban Chỉ đạo 138/CP chịu trách nhiệm trước Thủ tướng Chính phủ về toàn bộ hoạt động của Ban Chỉ đạo; lãnh đạo điều hành mọi hoạt động của Ban Chỉ đạo; phân công nhiệm vụ cụ thể cho các ủy viên và triệu tập, chủ trì các cuộc họp định kỳ, đột xuất của Ban Chỉ đạo và Thường trực Ban Chỉ đạo.
Trong trường hợp cần thiết, Trưởng ban Chỉ đạo 138/CP ủy quyền cho các Phó Trưởng ban giải quyết công việc thuộc thẩm quyền của mình.